การ ขาดจะมีผลเกี่ยวกับการต้านทานกลูโคส (Glucose tolerance) คือร่างกายไม่สามารถที่จะนำเอาน้ำตาลที่มากเกินไปออกจากเลือดโดยการ ออกซิเดชั่น หรือนำไปเก็บที่อื่นได้ การที่กล้ามเนื้อทำงานไม่พร้อมกัน (Staxia) จะเกี่ยวพันกับการที่บริโภค แมงกานีส ไม่เพียงพอ นอกจากนี้การขาด แมงกานีส จะนำไปสู่อัมพาต ตาบอด หูหนวก และชักในทารก สำหรับผู้ใหญ่จะปรากฏการเวียนศีรษะ และไม่สามารถได้ยินเสียง ทำให้เกิดอาการดังนี้

1. การเจริญเติบโตช้า แคระแกร็น
2. การเผาผลาญน้ำตาลตลอดถึงการเก็บไม่ดี ทำให้เป็นเบาหวานได้
3. ระบบการย่อยไม่ปกติ
4. กล้ามเนื้อไม่สัมพันธ์กับประสาท ไม่แข็งแรง อัมพาต
5. ชัก ตาบอด และอาจทำให้เด็กหูหนวกได้
6. เวียนศีรษะ มีเสียงในหู และหูหนวกในผู้ใหญ่