แมงดาแบ่งออกได้เป็น 3 ส่วน ดังนี้[4]

• ส่วนแรก เป็นส่วนของหัวและอกที่เชื่อมติดกัน เรียกว่า Cephalothorax หรือ Prosoma ซึ่งส่วนนี้จัดเป็นส่วนที่เป็นกระดองซึ่งเป็นเปลือกแข็งที่ห่อหุ้มลำตัว ลักษณะคล้ายรูปเกือกม้า โดยจะมีสันที่บริเวณด้านข้างตามความยาวของกระดอง นอกจากนี้ส่วนแรกของแมงดายังเป็นส่วนที่มีระยางค์ 8 คู่ ซึ่งมีลักษณะรูปร่างที่แตกต่างกันไปตามหน้าที่การใช้งาน โดยคู่ที่ 1 ไม่เจริญ คู่ที่ 2 เป็นก้ามหนีบ มีขนาดเล็ก อยู่บริเวณด้านหน้าของปาก (Chelicerea) คู่ที่ 3–6 เป็นระยางค์ขา ใช้สำหรับการเดิน ซึ่งส่วนปลายขาเดินจะเป็นก้ามหนีบ และมีหนามเล็ก ๆ อยู่เพื่อช่วยในการบดอาหาร ส่วนคู่ที่ 7 เป็นขาเดิน ที่มีหน้าที่ทำความสะอาดเหงือก และบริเวณปลายของระยางค์คู่นี้จะแยกออกเป็นสี่แฉก ไม่เป็นก้ามหนีบเหมือนกับขาเดินคู่อื่น ๆ มีหน้าที่สำหรับดันพุ้ยดินไปข้างหลังเพื่อฝังตัวในพื้น และระยางค์คู่สุดท้ายหรือคู่ที่ 8 อยู่บริเวณอก ซึ่งลดขนาดลง เรียกว่า "ชิลาเรีย" (Chilaria)
• ส่วนที่สอง เป็นส่วนท้อง มีลักษณะเป็นรูปทรงหกเหลี่ยม บริเวณด้านข้างมีหนาม 6 คู่ ส่วนท้องมีระยางค์ 6 คู่ ซึ่งมีลักษณะเป็นแผ่นแบน คู่แรกเป็น "แผ่นปิดเหงือก" (Gill Operculum) ทำหน้าที่ป้องกันอันตรายให้กับเหงือก และบริเวณฐานมีช่องสืบพันธุ์ (Genital Pore) 1 คู่ อีก 5 คู่ถัดไปเป็น "เหงือก" (Gill Book) ที่มีรอยพับเป็นริ้ว ๆ ประมาณ 150 ริ้ว เพื่อเพิ่มพื้นที่ในการแลกเปลี่ยนก๊าซ แมงดาเป็นสัตว์ที่อยู่รอดได้แม้ไม่มีน้ำเป็นเวลาหลายวัน หากเหงือกนี้ยังเปียกอยู่ เมื่ออยู่ในน้ำ แมงดาจะหายใจโดยใช้วิธีกางเหงือกนี้ขึ้นลง[5]
• ส่วนที่สาม เป็นส่วนของหางที่มีความแข็งและยาว ส่วนปลายเรียวแหลม มีเอ็นแข็งแรงยึดไว้ เพื่อใช้สำหรับการงอตัวหรือฝังตัวลงไปในดิน หรือใช้ในกรณีที่ต้องการอยู่นิ่งกับที่ในทะเลโดยการใช้หางปักลงกับพื้น และยังสามารถใช้ในการพลิกตัวจากการหงายท้อง แต่ไม่ได้ใช้เป็นอาวุธ[5]

แมงดาเป็นสัตว์ที่มีรูปร่างเหมือนจานคว่ำหรือชามขนาดใหญ่ มีกล้ามเนื้อทั้งสิ้น 750 มัด มีหัวใจที่ยาวเกือบเท่าขนาดลำตัว มีอัตราการเต้นอยู่ที่ 32 ครั้งต่อนาที (ช้ากว่ามนุษย์ถึงครึ่งหนึ่ง) มีรูเปิด 8 คู่ มีลิ้นเปิดปิดที่ควบคุมการไหลเวียนของเลือดให้ไหลจากเหงือกไปที่ขาและอวัยวะที่สำคัญ มีกระเพาะอาหารธรรมดา เมื่อเวลากินอาหาร แมงดาจะกินทางปากจากนั้นจึงผ่านไปที่สมองก่อนจะไปถึงกระเพาะ แล้วจึงค่อยขับถ่ายออกมา โดยมีอวัยวะเหมือนแขนชิ้นเล็ก ๆ ทำหน้าที่จับอาหารส่งเข้าสู่ปาก ซึ่งสัตว์จำพวกอื่นที่มีอวัยวะแบบเดียวกันนี้ คือ แมงมุมและแมงป่อง ซึ่งเป็นสัตว์ที่เป็นเสมือนญาติใกล้เคียงที่สุด อาหารของแมงดามีด้วยกันหลากหลาย ทั้งสาหร่ายทะเลและสัตว์น้ำมีเปลือกขนาดเล็ก ๆ มีสมองที่มีรูปร่างเหมือนเฟือง ขาของแมงดามีความสามารถใช้สำหรับจับการเคลื่อนไหวหรือดมกลิ่นได้ มีดวงตาหลายคู่ที่ด้านข้างและด้านหลังที่เหมือนกับแมลง เห็นภาพได้เป็นสเกลหรือตาราง โดยมีเซลล์รับแสงอยู่ด้านใน ต่างจากสัตว์ทั่วไปที่มีอยู่ตรงกลาง แต่ตาหลักจะช่วยในการมองเห็นรูปร่างของแมงดาตัวอื่น ๆ ส่วนตัวผู้จะใช้ในการมองหาคู่ ตาคู่ที่เล็กมีความไวกว่า ใช้ตรวจจับรังสีต่าง ๆ ได้ เช่น อัลตราไวโอเล็ต รวมถึงแสงจันทร์เพราะเป็นสัตว์ที่มีวิถีชีวิตคู่กับน้ำขึ้นน้ำลง และยังมีตาที่อยู่ด้านท้องที่ตรวจจับทิศได้แม้ลำตัวจะหงายท้องก็ตาม และส่วนหางก็ยังตรวจจับแสงได้อีกด้วย แม้จะมีร่างกายดูเหมือนเทอะทะ แต่ทว่าร่างกายของแมงดากลับยืดหยุ่นได้เป็นอย่างดี[5]

แมงดาเพศเมียภายในร่างกายจะมีการผลิตไข่อยู่ตลอดเวลาเพื่อรอเวลาผสมพันธุ์และวางไข่[5]