ขั้นตอนวิธีในรูปแบบพื้นฐานนั้นไม่เหมาะสมในการใช้ในวิทยาการเข้ารหัสลับ (ไม่เหมือนกับ Blum Blum Shub) จากการสังเกตตัวเลขซ้ำๆจำนวนหนึ่ง (624 ในกรณีของ MT19937) สามารถทำให้สามารถคาดเดาตัวเลขซ้ำๆเหล่านี้ในอนาคตได้ มาโคโตะ มัตซูโมโตะอ้างว่าการเข้ารหัสลับโดยอาศัยแมร์แซน ทวิสเตอร์นั้นมีความเร็ว 1.5 ถึง 2 เท่าของมาตรฐานการเข้ารหัสขั้นสูง (Advanced Encryption Standard) ใน counter mode

อีกหนึ่งปัญหาคือเวลาที่นานในการแปลงสถานะเริ่มต้นที่ไม่ใช่แบบเชิงสุ่ม(เช่นกรณีที่มี 0 หลายตัว) ให้เป็นผลลัพธ์ที่ผ่านการตรวจสอบความสุ่ม (Randomness tests) ขั้นตอนวิธีการสร้างเลขฟิโบนัชชีแบบล้าหลัง (Lagged Fibonacci generator) หรือขั้นตอนวิธีการสร้างความสอดคล้องกันแบบเชิงเส้น (Linear congruential generator) มักจะถูกใช้ในการทำให้แมร์แซน ทวิสเตอร์นั้นมีค่าเริ่มต้นแบบสุ่ม

สำหรับหลายๆโปรแกรมประยุกต์ การใช้งานแมร์แซน ทวิสเตอร์มักจะเป็นตัวเลือกที่ดีตัวเลือกหนึ่งในการเลือกใช้ขั้นตอนวิธีสำหรับการสร้างตัวเลขเชิงสุ่ม

แมร์แซน ทวิสเตอร์นั้นถูกออกแบบมาโดยใช้หลักการของขั้นตอนวิธีแบบมอนติคาร์โล (Monte Carlo method) และแบบจำลองทางสถิติอื่นๆเป็นพื้นฐาน เพราะว่านักวิจัยนั้นต้องการตัวเลขที่มีคุณภาพสูง แต่ก็ต้องการประโยชน์จากความเร็วและความสามารถในการนำไปใช้ที่อื่นได้โดยข้อมูลไม่เสียหายและสามารถใช้ได้กับทุกๆที่ด้วย