ขั้นตอนวิธีแมร์แซน ทวิสเตอร์ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ในด้านวิทยาการคอมพิวเตอร์ โดยเฉพาะจากจอร์จ มาร์ซากิลา (George Marsaglia) ว่าถึงแม้จะดีในการหาตัวเลขเชิงสุ่มแต่ว่าซับซ้อนในการนำไปใช้งานจริง Marsaglia ได้ยกตัวอย่างของขั้นตอนวิธีสำหรับการหาตัวเลขเชิงสุ่มที่มีความซับซ้อนน้อยกว่าแต่มีช่วงการพิจารณาที่กว้างกว่า ตัวอย่างเช่นขั้นตอนวิธีคูณแบบมีตัวทด (Multiply-with-carry) ซึ่งมีช่วงกว้าง 1033000 ซึ่งเร็วกว่าและมีอัตราการสุ่มเทียบเท่าหรือดีกว่า

อีกหนึ่งประเด็นคือแมร์แซน ทวิสเตอร์ นั้นละเอียดอ่อนมากโดยเฉพาะกับการตั้งค่าเริ่มต้นที่ไม่ดี และแมร์แซน ทวิสเตอร์ยังใช้เวลานานในการแก้ไขจากสถานะเริ่มต้นที่มี 0 มากเกินไปให้อยู่ในสถานะที่มีการสุ่มในเกณฑ์ที่ต้องการ ทางเลือกที่ดีกว่าในการแก้ปัญหานี้ได้แก่ WELL(Well equidistributed long-period linear) ซึ่งสามารถแก้ไขปัญหาสถานะเริ่มต้นที่มี 0 มากเกินไปนี้ได้อย่างรวดเร็ว โดยมีประสิทธิภาพที่เท่ากันหรือดีกว่าและมีอัตราการสุ่มที่เท่ากัน