แมลงวันออกลูกเป็นไข่และฟักเป็นหนอนแมลงวัน และระยะดักแด้ จนกลายเป็นตัวเต็มวัย วงจรชีวิตของแมลงวันตั้งแต่ไข่จนเป็นตัวเต็มวัยกินเวลาประมาณ 8-10 วัน [2]

เมื่อแมลงวันผสมพันธุ์กัน ตัวผู้จะเริ่มขึ้นขี่ตัวเมีย หันหน้าไปทางเดียวกัน แต่จะหมุนหันหน้าไปทางตรงกันข้ามในเวลาต่อมา แมลงวันมีความสามารถในการสืบพันธุ์มากกว่าแมลงอื่น ๆ และใช้เวลาสั้นกว่าด้วย จึงเป็นสาเหตุให้แมลงวันเพิ่มขึ้นจำนวนมาก

ตัวเมียจะวางไข่ใกล้ ๆ แหล่งอาหารเท่าที่เป็นไปได้ การเจริญเติบโตเกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว ตัวหนอนจะกินอาหารมากที่สุดเท่าที่เป็นไปได้ในระยะเวลาสั้น ๆ ก่อนที่เจริญเติบโตไปเป็นตัวเต็มวัย ในบางครั้งไข่จะฟักทันทีหลังจากถูกวางไข่ แมลงวันบางชนิดตัวหนอนฟักภายในตัวแม่ ovoviviparous

ตัวหนอนแมลงวัน หรือเรียกว่า maggot ไม่มีขาจริง ระหว่างอกและท้องมีการแบ่งส่วนพื้นที่เพียงเล็กน้อย หลายชนิดแม้แต่หัวก็ไม่สามารถแบ่งส่วนพื้นที่ได้ชัดจากส่วนอื่น บางชนิดมีขาเทียมเล็กๆที่ปล้องตัว ตาและหนวดลดรูป หรือไม่มี และท้องไม่มีรยางค์ เช่น cerci ลักษณะดังกล่าวเป็นการปรับตัวต่อสภาพแวดล้อมที่มีอาหารเป็นจำนวนมาก เช่นในอินทรีย์วัตถุเน่าหรือเป็นปรสิตภายใน

ดักแด้มีหลายรูปแบบ บางครั้งเข้าดักแด้ในปลอกไหม หลักจากออกจากดักแด้ ตัวเต็มวัยมีอายุประมาณ 2-3 วัน หน้าที่หลักเพื่อสืบพันธุ์และหาแหล่งอาหารใหม่