แมลงวันมีประโยชน์ต่อมนุษย์ เช่น ในบางท้องที่พบว่าแมลงวันสามารถช่วยผสมเกสรดอกไม้ แพทย์บางแห่งใช้หนอนแมลงวันช่วยในการรักษาแผลเน่าเปื่อยในคน โดยให้หนอนแมลงวันขนาดเล็กกัดกินเนื้อเยื่อที่ตายแล้ว ทำให้แผลหายเร็วขึ้น การพบตัวอ่อนของแมลงวันในศพสามารถช่วยในการชันสูตรศพ ซึ่งช่วยประมาณระยะเวลาตาย หรือการหาสาเหตุของการตายในบางกรณีได้