ปัจจุบัน แม่น้ำตาปี ได้ถูกนำมาใช้ประโยชน์ในหลายด้าน ทั้งการอุปโภค บริโภค และการนันทนาการท่องเที่ยว

• เขื่อนรัชชประภา

เป็นเขื่อนผลิตพลังงานไฟฟ้า กั้นแม่น้ำตาปีบริเวณต้นน้ำคลองศก ระดับน้ำในเขื่อนสูงสุดที่ 100 เมตร นำน้ำที่เก็บไว้สำหรับการผลิตไฟฟ้า และการชลประทานสำหรับพื้นที่อำเภอพนม และอำเภอคีรีรัฐนิคม

• ล่องแก่งคลองยัน-คลองศก

ในอุทยานแห่งชาติแก่งกรุง ได้จัดกิจกรรมล่องแก่งชมธรรมชาติสองข้างทางของคลองยันที่ไหลผ่านบริเวณพื้นที่อุทยาน และในบริเวณอุทยานแห่งชาติเขาสก มีเอกชนจ้ดกิจกรรมล่องห่วงยางไปตามลำน้ำคลองสก เป็นกิจกรรมนันทนาการท่องเที่ยวในพื้นที่

• การอุปโภคบริโภค

โดยนำน้ำจากแม่น้ำตาปี เป็นแหล่งน้ำดิบสำหรับผลิตน้ำประปา นอกจากนี้ยังมีโรงงานที่ตั้งขึ้นสองฝั่งแม่น้ำที่ใช้น้ำจากแม่น้ำตาปี ในการอุปโภคและบริโภคจำนวนมาก