แม่น้ำตาปี เกิดจากเทือกเขาหลวงในอำเภอพิปูน จังหวัดนครศรีธรรมราชไหลผ่าน อำเภอฉวาง อำเภอบ้านนาสาร อำเภอเวียงสระ อำเภอทุ่งใหญ่ อำเภอพระแสง อำเภอเคียนซา อำเภอพุนพิน และอำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี ไหลออกสู่ทะเลที่อ่าวบ้านดอน แม่น้ำตาปี มีความยาวทั้งหมดประมาณ 232 กิโลเมตร มีคลองสาขาที่สำคัญ 6 สาย ได้แก่

• คลองฉวาง ต้นน้ำอยู่ในอำเภอบ้านนาสาร ไหลผ่านอำเภอบ้านนาสารหลายตำบล บรรจบแม่น้ำตาปีที่ตำบลท่าชี เรียกว่าปากหวางหรือว่าปากจน
• คลองสินปุน ต้นน้ำอยู่ในเขตจังหวัดกระบี่ ไหลมารวมกับแม่น้ำตาปี ทางฝั่งซ้ายในตำบลสินปุน อำเภอพระแสง
• คลองอิปัน ต้นน้ำมาจากอำเภอทับปุด จังหวัดพังงา ไหลมารวมกับแม่น้ำตาปีทางฝั่งซ้ายในตำบลสินปุน อำเภอพระแสง
• คลองพุนพิน แยกจากฝั่งซ้ายของแม่น้ำตาปี ใกล้สะพานรถไฟพระจุลจอมเกล้า ตำบลท่าข้าม อำเภอพุนพิน ไปออกทะเลที่อ่าวบ้านดอน
• คลองท่ากูบ ต้นน้ำมาจากบ้านขุนทะเล ไหลมารวมกับแม่น้ำตาปีทางฝั่งขวา
• คลองมะขามเตี้ย ต้นน้ำมากจากบึงขุนทะเล ไหลมารวมกับแม่น้ำตาปี ทางฝั่งขวาใกล้ตลาดบ้านดอน อำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี
• คลองขวาง แยกจากฝั่งซ้ายตรงกันข้ามกับหน้าตลาดบ้านดอน อำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี ไปบรรจบกับคลองพุนพิน ที่ตำบลลิเล็ด อำเภอพุนพิน
• คลองศก ซึ่งมีต้นกำเนิดมาจากอุทยานแห่งชาติเขาสก คลองยัน ซึ่งมีต้นกำเนิดจากพื้นที่อุทยานแห่งชาติแก่งกรุง
• แม่น้ำพุมดวง [2]