แม่น้ำบรูไน (มลายู: Sungai Bruneicode: ms is deprecated ) เป็นแม่น้ำที่ไหลผ่านประเทศบรูไน[1] และไหลออกทะเลที่อ่าวบรูไน[2] สำนักงานสุลต่านบรูไน รวมถึง พระราชวังสุลต่าลบรูไน อยู่บนฝั่งแม่น้ำนี้ กัมปงอาเยร์หรือหมู่บ้านน้ำ ซึ่งเป็นชุมนุมปลูกเป็นเรือนชิดติดกันตั้งอยู่ริมหรือกลางแม่น้ำแห่งนี้ โดยเป็นชุมนุมมาแต่โบราณอายุนานกว่า 1,300 ปีแล้ว และถือเป็นชุมชนริมน้ำที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกอีกด้วย [3]