แม่น้ำอากูซัน (อังกฤษ: Agusan River) เป็นแม่น้ำสายหนึ่งในพื้นที่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะมินดาเนา ประเทศฟิลิปปินส์ มีพื้นที่ลุ่มน้ำ 11,937 กม² (4,609 sq mi) ครอบคลุมเขตคารากาและบางส่วนของจังหวัดดาเบาเดโอโร เป็นพื้นที่ลุ่มน้ำที่ใหญ่เป็นอันดับที่ 3 ของประเทศ รองจากพื้นที่ลุ่มน้ำคากายัน และพื้นที่ลุ่มน้ำมินดาเนา[2] แม่น้ำอากูซันมีความยาวทั้งหมด 390 กิโลเมตร (240 ไมล์)[1][3][4] ต้นน้ำอยู่ที่ภูเขาในจังหวัดดาเบาเดโอโร ใกล้กับเขตจังหวัดซีลางังดาเบา ทางทิศตะวันออกของเมืองตากุม และไหลผ่านหุบเขาแม่น้ำอากูซันในช่วงระยะทาง 177 กิโลเมตร (110 ไมล์) จากทิศใต้ไปยังทิศเหนือ ความกว้าง 32–48 กิโลเมตร[5] ก่อนที่จะไหลลงสู่อ่าวบูตูอัน ใกล้กับเมืองบูตูอัน