เนื่องจากปัจจัยด้านความปลอดภัยและมลพิษทางเสียง แอร์โครยอจึงถูกสั่งห้ามไม่ให้เข้าไปในสหภาพยุโรป ตั้งแต่เดือนมีนาคม ค.ศ. 2006 คณะกรรมาธิการแห่งสหภาพยุโรป ได้พบข้อบกพร่องของเครื่องบินในหลุมจอดของท่าอากาศยานในประเทศฝรั่งเศสและเยอรมนี ทำให้แอร์โครยอถูกกล่าวหาด้านการให้บริการเครื่องบินที่บกพร่องมาก และยังล้มเหลวในการเจรจากับกรมการบินพลเรือนฝรั่งเศส ทำให้ฝ่ายฝรั่งเศสมองว่าสายการบินนี้มีประสิทธิภาพตกต่ำมาก นอกจากนี้ องค์กรอีซียังกล่าวว่า เกาหลีเหนือควบคุมสายการบินประจำชาติได้ไม่เพียงพอ และการประชุมที่ชิคาโก ก็ได้สรุปว่า ด้วยเหตุนี้ หากวัดกันด้วยพื้นฐานของเกณฑ์ตัดสินทั่วไปแล้ว[30] คณะกรรมการจึงได้ประเมินผลว่า แอร์โครยอไม่มีมาตรฐานความปลอดภัยที่ดีพอ[31]

ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 2010 แอร์โครยอ ได้รับอนุญาตให้กลับไปบินเหนือน่านฟ้ายุโรปได้อีกครั้ง โดยเครื่องบิน ตู-204 ซึ่งมีอุปกรณ์ที่เหมาะสม และเข้ากันกับมาตรฐานนานาชาติ อย่างไรก็ตาม เครื่องบินประเภทอื่น ยังคงถูกสั่งห้าม[27][32][33]