โรว์ลิงว่า แก่นเรื่องหลักของชุดแฮร์รี่ พอตเตอร์คือ ความตาย "หนังสือของฉันเกี่ยวข้องกับความตายเป็นส่วนใหญ่ เรื่องราวเกิดขึ้นด้วยการตายของพ่อแม่แฮร์รี่ มีความคิดครอบงำของโวลเดอมอร์เรื่องการพิชิตความตายและภารกิจของเขาเพื่อความเป็นอมตะไม่ว่าจะต้องเสียอะไรไปก็ตาม เป้าหมายของทุกคนที่มีเวทมนตร์ ฉันเข้าใจดีว่าทำไมโวลเดอมอร์ต้องการพิชิตความตาย เราทุกคนกลัวมัน"[8]

อาจารย์และนักหนังสือพิมพ์ได้พัฒนาการตีความแก่นเรื่องอื่นอีกมากในหนังสือ บ้างก็ซับซ้อนกว่าแนวคิดอื่น และบ้างก็รวมถึงการแฝงนัยทางการเมืองด้วย แก่นเรื่องนี้อย่างเช่น ปกติวิสัย การครอบงำ การอยู่รอด และการก้าวข้ามความแปลกประหลาดที่เพิ่มขึ้นมาล้วนถูกมองว่าพบเห็นได้บ่อยตลอดทั้งเรื่อง[37] โรว์ลิงว่า หนังสือของเธอประกอบด้วย "ข้อพิสูจน์ยืดเยื้อแก่ความอดกลั้น คำขอร้องยาวนานให้ยุติความเชื่อไร้เหตุผล" และว่ายังผ่านข้อความเพื่อ "ตั้งคำถามถึงทางการและ ... ไม่สันนิษฐานว่าสถาบันหรือสื่อบอกความจริงแก่คุณทั้งหมด"[38]

ขณะที่อาจกล่าวได้ว่าหนังสือนั้นประกอบด้วยแก่นเรื่องอื่นอีกหลากหลาย เช่น อำนาจ การละเมิดอำนาจ, ความรัก, อคติ และทางเลือกเสรี ซึ่งทั้งหมดนี้ ตามคำกล่าวของเจ. เค. โรว์ลิง ว่า "ฝังลึกอยู่ในโครงเรื่องทั้งหมด" ผู้เขียนยังพึงใจปล่อยให้แก่นเรื่อง "การเติบโตทางชีวิต" มากกว่านั่งลงและเจตนาพยายามที่จะบอกแนวคิดนั้นแก่ผู้อ่านของเธอ ในบรรดาแก่นเรื่องนั้นคือ แก่นเรื่องที่มีอยู่ตลอดเวลาเกี่ยวกับวัยรุ่น ซึ่งในการพรรณนา โรว์ลิงมีจุดประสงค์ในการรับรองเพศภาพตัวละครของเธอและไม่ทิ้งให้แฮร์รี่ "ติดอยู่ในสภาพก่อนวัยหนุ่มสาวไปตลอดกาล" ตามคำพูดของเธอ[39] โรว์ลิงกล่าวว่า สำหรับเธอ ความสำคัญทางศีลธรรมของเรื่องนี้ดู "ชัดเจนมากอย่างที่สุด" สิ่งสำคัญสำหรับเธอคือทางเลือกระหว่างสิ่งที่ง่ายกับสิ่งที่ถูก "เพราะว่า ... นั่นคือสิ่งที่ทรราชเริ่มต้น โดยไม่ยินดียินร้ายและเลือกเส้นทางที่ง่าย และทันใดนั้นก็พบว่าตนเองอยู่ในปัญหาร้ายแรง"[40]