ในกลางดึกของคืนวันหนึ่ง อัลบัส ดัมเบิลดอร์และมิเนอร์วา มักกอนนากัล ศาสตราจารย์แห่งโรงเรียนคาถาพ่อมดแม่มดและเวทมนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์ พร้อมกับ รูเบอัส แฮกริด ผู้ดูแลแผ่นดินฮอกวอตส์ ได้นำทารกเพิ่งกำพร้าชื่อว่า แฮร์รี่ พอตเตอร์ มาส่งที่บ้านของครอบครัวเดอร์สลีย์ ญาติของเขาที่ยังเหลืออยู่

สิบปีต่อมา แฮร์รี่ต้องต่อสู้กับชีวิตที่ไม่ปะติดปะต่อกับครอบครัวเดอร์สลีย์ หลังก่ออุบัติเหตุโดยไม่ได้ตั้งใจ ระหว่างไปเที่ยวสวนสัตว์กับครอบครัว แฮร์รี่เริ่มได้รับจดหมายที่ไม่ได้ร้องขอจากนกฮูก ครอบครัวเดอร์สลีย์หนีไปยังเกาะแห่งหนึ่งเพื่อหลีกเลี่ยงจดหมาย แฮกริดปรากฏตัวอีกคั้งและบอกแฮร์รี่ว่า เขาคือพ่อมดและได้รับการยอมรับให้เข้าเรียนในโรงเรียนฮอกวอตส์ ต่อต้านความปรารถนาของเดอร์สลีย์

แฮกริดพาแฮร์รี่ไปตรอกไดแอกอนเพื่อซื้อของไว้ใช้สำหรับการเรียนในฮอกวอตส์ แฮกริดซื้อนกฮูกสัตว์เลี้ยงชื่อว่า เฮดวิก เป็นของขวัญวันเกิดแฮร์รี่ แฮกริดบอกแฮร์รี่ว่า พ่อแม่ของแฮร์รี่ เจมส์และลิลลี พอตเตอร์ เสียชีวิตเพราะถูกคำสาปพิฆาต ด้วยมือของ ลอร์ดโวลเดอมอร์ พ่อมดที่ร้ายกาจและทรงพลัง แฮร์รี่เป็นคนเดียวที่รอดชีวิตจากความโกลาหล และกลายเป็นที่รู้จักในโลกเวทมนตร์ว่าเป็น "เด็กชายผู้รอดชีวิต"

แฮร์รี่เข้ามาในสถานีรถไฟคิงส์ครอสเพื่อขึ้นรถไฟไปฮอกวอตส์ เขาได้พบกับนักเรียนคนอื่นสามคน ได้แก่ รอน วีสลีย์ ผู้ที่ตีสนิทกับแฮร์รี่ได้อย่างรวดเร็ว, เฮอร์ไมโอนี เกรนเจอร์ แม่มดอัจฉริยะที่เกิดมาจากพ่อแม่ที่เป็นมักเกิล และ เดรโก มัลฟอย เด็กชายจากครอบครัวพ่อมดที่ร่ำรวย ซึ่งเขากลายเป็นคู่แข่งของแฮร์รี่ในทันที หลังจากเดินทางมาถึงโรงเรียน เหล่านักเรียนได้รวมตัวกันที่ห้องโถงใหญ่ ที่นักเรียนชั้นปีที่หนึ่งทั้งหมดจะถูกแบ่งโดยหมวกคัดสรร ไปอยู่ตามบ้านต่าง ๆ ได้แก่ กริฟฟินดอร์, ฮัฟเฟิลพัฟ, เรเวนคลอและสลิธีริน ถึงแม้ว่าหมวกคัดสรรจะตัดสินใจให้แฮร์รี่ไปอยู่บ้านสลิธีรินกับเดรโก แต่แฮร์รี่ได้ไปอยู่บ้านกริฟฟินดอร์ ร่วมกับรอนและเฮอร์ไมโอนี

ที่ฮอกวอตส์ แฮร์รี่เริ่มเรียนรู้เวทมนตร์คาถาและค้นพบเกี่ยวกับเรื่องราวในอดีตของเขาและพ่อแม่ของเขา แฮร์รีถูกเกณฑ์เข้าร่วมทีมควิดดิชของกริฟฟินดอร์ ในตำแหน่งซีกเกอร์ หลังเขากู้ รีเมมบรอล ของเนวิล ลองบัตทอม นักเรียนกริฟฟินดอร์ สำเร็จ ระหว่างที่แฮร์รี่, รอนและเฮอร์ไมโอนี กำลังเดินทางกลับหอพักในคืนวันหนึ่ง บันไดได้เปลี่ยนทาง ทำให้พวกเขาเข้าไปในชั้นต้องห้ามของฮอกวอตส์ ทั้งสามคนค้นพบ สุนัขยักษ์สามหัว ชื่อว่า ปุกปุย ในเขตหวงห้ามของโรงเรียน ต่อมา รอนล้อเลียนเฮอร์ไมโอนี หลังเธอทำให้เขาอับอายในชั่วโมงเรียนคาถายกของ ทำให้เฮอร์ไมโอนีขังตัวเองในห้องน้ำหญิง เธอถูกโจมตีโดยโทรลล์ที่หลุดออกมา แต่แฮร์รี่กับรอนช่วยเธอไว้และคืนดีกับเธอ

ต่อมา ทั้งสามคนพบว่าปุกปุยกำลังปกป้อง ศิลาอาถรรพ์ วัตถุที่มีพลังสามารถเปลี่ยนโลหะใด ๆ ให้กลายเป็นทองคำและผลิตน้ำยาที่ให้ความเป็นอมตะ แฮร์รี่สงสัย เซเวอร์รัส สเนป อาจาร์ยสอนวิชาปรุงยาและหัวหน้าของบ้านสลิธีริน เป็นคนพยายามที่จะขโมยศิลานี้ เพื่อให้โวลเดอมอร์กลับมามีร่างกายอีกครั้ง แฮกริดเผลอหลุดปากไปว่า ปุกปุยจะหลับถ้าเปิดเพลงให้มันฟัง แฮร์รี่, รอนและเฮอร์ไมโอนี ตัดสินใจในคืนนั้นว่า จะพยายามและตามหาศิลาให้ได้ก่อนที่สเนปจะเอาไป พวกเขาพบว่า ปุกปุยนั้นหลับแล้วและเผชิญหน้ากับด่านป้องกันต่าง ๆ ได้แก่ พืชที่มีพิษร้ายแรงที่เรียกว่าต้นกับดักมาร, ห้องที่เต็มไปด้วยกุญแจบินดุร้ายที่ทำให้แฮร์รี่บาดเจ็บและเกมหมากรุกยักษ์ ซึ่งทำให้รอนสลบ

หลังผ่านด่านต่าง ๆ มาได้ แฮร์รี่ค้นพบว่าแท้จริงแล้ว ควิรินัส ควีเรลล์ อาจารย์สอนวิชาป้องกันตัวจากศาสตร์มืด คือคนที่พยายามจะขโมยศิลา สเนปคือคนที่ปกป้องแฮร์รี่มาโดยตลอด ควีเรลล์ถอดผ้าโพกหัวออกและเผยให้เห็นโวลเดอมอร์ที่อ่อนแอซึ่งอาศัยอยู่ที่ด้านหลังศีรษะของเขา แฮร์รี่พบว่ามีศิลาอยู่ในความครอบครองของเขา ด้วยคาถาที่ดัมเบิลดอร์ได้วางเอาไว้ โวลเดอมอร์พยายามต่อรองกับแฮร์รี่ โดยเอาศิลาแลกกับการชุบชีวิตพ่อแม่ของแฮร์รี่ แต่แฮร์รี่ปฏิเสธ ควีเรลล์พยายามจะฆ่าแฮร์รี่ แต่แฮร์รี่ฆ่าเขาด้วยการสัมผัสจนเผาไหม้ผิวหนังของเขากลายเป็นฝุ่น วิญญาณของโวลเดอมอร์ผงาดขึ้นมาจากเถ้าถ่านและบินผ่านตัวแฮร์รี่ทำให้เขาหมดสติ

แฮร์รี่ได้การฟื้นฟูที่ห้องพยาบาลของโรงเรียน โดยมีดัมเบิลดอร์อยู่ข้างกายเขา ดัมเบิลดอร์อธิบายว่าศิลานั้นถูกทำลายแล้วและรอนกับเฮอร์ไมโอนีนั้นปลอดภัย ดัมเบิลดอร์เปิดเผยว่าแฮร์รี่เอาชนะควีเรลล์ได้อย่างไร เมื่อแม่ของแฮร์รี่เสียชีวิตจากการพยายามจะช่วยชีวิตเขา การเสียชีวิตของเธอได้มอบคาถาป้องกันที่เกิดจากความรักที่ต่อต้านโวลเดอมอร์ให้กับแฮร์รี่ แฮร์รี่, รอนและเฮอร์ไมโอนี ได้รับรางวัลเป็นคะแนนให้กับบ้านของพวกเขา สำหรับการแสดงความกล้าหาญ ทำให้คะแนนเท่ากับสลิธีริน ซึ่งมีคะแนนเป็นอันดับที่หนึ่ง ดัมเบิลดอร์ได้มอบสิบคะแนนให้กับเนวิลล์ สำหรับความพยายามที่จะหยุดทั้งสามคน ทำให้กริฟฟินดอร์ได้ถ้วยรางวัลบ้านดีเด่น แฮร์รี่กลับบ้านในช่วงฤดูร้อนและมีความสุขที่ในที่สุดก็มีบ้านที่แท้จริงในฮอกวอตส์