ภาพยนตร์แฮร์รี่ พอตเตอร์กับเจ้าชายเลือดผสมได้ชื่อว่าเป็นภาพยนตร์ที่ประสบอุปสรรคและปัญหามากที่สุดเพราะเนื่องจากมีเหตุการณ์ร้ายเกิดขึ้นเสมอเริ่มตั้งแต่การเสียชีวิตจากการถูกแทงของโรเบิร์ต น็อกซ์นักแสดงผู้รับบทเป็น มาร์คัส เบลบี้ หน้าผับจนเสียชีวิต อีกทั้งยังการปลอมแปลงโปสเตอร์ที่อ้างว่าทางW.B.เป็นผู้ผลิตทำให้บริษัทต้องกำจัดข่าวทั้งหมด การประท้วงนักเขียนที่อเมริกา แดเนียลผู้รับบทเป็นแฮร์รี่เล่นละครเวทีเปลื้องผ้าทำให้เสียความเป็นแฮร์รี่ การเข้าฉายใกล้เคียงกันระหว่างแฮร์รี่ พอตเตอร์ (21 พฤศจิกายน) กับแวมไพร์ ทไวไลท์ (27 พฤศจิกายน) ซึ่งทำให้รายได้อาจถูกทไวไลท์แย่งไปได้เพราะแฮร์รี่เป็นภาพยนตร์ฟอร์มยักษ์ดังนั้นควรเข้าฉายในช่วงที่ไม่มีภาพยนตร์ที่ใหญ่พอจะสู้ ปัญหาเศรษฐกิจ และที่สำคัญที่สุดคือการเลื่อนฉายภาพยนตร์ที่ทาง W.B.กล่าวว่าต้องการให้ภาพยนตร์ฟอร์มยักษ์อย่างแฮร์รี่เข้าฉายในช่วงหน้าร้อนและไม่อยากเอามาแข่งกับ แบทแมน เดอะ ดาร์ค ไนท์ที่สร้างรายได้ถล่มทลาย