โกงกางใบเล็กเป็นไม้ต้นขนาดใหญ่ สูง 25-35 ม. ระบบรากเป็นระบบรากแก้วมีรากเสริมออกมาเหนือโคนต้น 3-8 กม. รากที่โคนต้นหรือรากค้ำยันลำต้นแตกแขนงระเกะระกะไม่เป็นระเบียบ ทำมุมเกือบตั้งฉากกับลำต้นและหักเกือบเป็นมุมฉากลงดินเพื่อพยุงลำต้น เรือนยอดรูปกรวยคว่ำแคบ ๆ

ลำต้นมีเส้นผ่านศูนย์กลาง 30-50 ซม. เปลือกสีเทาคล้ำหรือเทาอมชมพู แตกเป็นร่องตื้น ๆ ตามยาวทั่วไปและอาจมีร่องสั้น ๆ แตกตามขวางคั่นระหว่างร่องยาวอย่างไม่เป็นระเบียบ เมื่อทุบเปลือกทิ้งไว้สักครู่จะพบว่าเปลือกในจะมีสีแสดถึงแดงเลือดหมู

ใบเป็นใบเดี่ยวเรียงตรงข้ามสลับทิศทางตั้งฉาก ใบคู่ล่างๆ จะร่วงไปเหลือแต่คู่ใบ 2-4 คู่ เป็นกลุ่มที่ปลายกิ่ง รูปรี กว้าง 4-8 ซม. ยาว 7-18 ซม. ปลายแหลมหรือเป็นติ่งแหลมเล็กยาว แข็ง สีดำ โคนรูปลิ่ม เส้นกลางใบด้านล่างสีแดงเรื่อ ๆ หรือชมพูอมแดง เส้นแขนงใบปรากฏราง ๆ แผ่นใบหนา ก้านใบยาว 1.5-3.5 ซม. มักมีสีแดงเรื่อ ๆ หูใบแคบ ปลายแหลมยาวประกบกันเป็นคู่ระหว่างคู่ใบ เห็นได้ชัดที่ปลายกิ่ง ยาว 4-9 ซม. สีชมพู ร่วงง่าย ใบเล็กกว่าโกงกางใบใหญ่

ดอกสมบูรณ์เพศ ช่อดอกสั้นมาก ออกตามง่ามใบที่ใบร่วงไปแล้ว ก้านช่อดอกยาว 0.6-2 ซม. ตรงปลายก้านช่อมีดอกที่ไม่มีก้านหรือมีก้านสั้น 1 คู่ ดอกตูมรูปไข่ ยาว 1.2-1.6 ซม. ใบประดับที่ฐานดอกติดกันคล้ายรูปถ้วย กลีบเลี้ยง 4 กลีบ รูปไข่ กว้าง 6-8 มม. ยาว 0.7-1.2 ซม. กลีบหนา ปลายแหลม ต่อมาจะโค้งลงเกือบแนบก้านดอก กลีบดอก 4 กลีบ ร่วงง่าย รูปใบหอก กว้าง 1-2 มม. ยาว 0.7-1.2 ซม. สีเหลืองอมเขียวหรือเหลืองอ่อน ขอบกลีบไม่มีขน เกสรเพศผู้ 12 อัน ก้านชูอับเรณูสั้นมากหรือไม่ปรากฏชัด

ผลมีรูปไข่กลับยาว 2-3 ซม. สีน้ำตาลคล้ำ ผิวค่อนข้างขรุขระ เมล็ดงอกได้ในขณะที่ผลยังติดอยู่กับต้น ลำต้นใต้ใบเลี้ยงรูปทรงกระบอก เรียงโค้งเล็กน้อย ยาว 30-40 ซม. เส้นผ่านศูนย์กลาง 1-1.2 ซม. มีขนาดโตขึ้นที่ส่วนปลาย ผิวเป็นมัน สีเขียวหรือเขียวอมม่วง ค่อนข้างเรียบหรือมีตุ่มขรุขระกระจัดกระจาย[1] เมื่อร่วงหล่นลงสู่พื้นจะปักลงในดิน

เสริม 2561 พบว่าใบของโกงกางเป็นสมุนไพร ไว้คลาดร้อน เครียด ปวดท้องรุนแรง แต่ควรต้มก่อน สามารถรวมกับอย่างอื่นเพื่อเปลี่ยนรสชาติได้