อภิมหาโครงการนี้เริ่มต้นเมื่อ พ.ศ. 2533 โดยการสนับสนุนของ กรมพลังงาน และ สำนักงานสุขภาพแห่งชาติ ของสหรัฐอเมริกา ด้วยทุนวิจัย 3 พันล้านเหรียญ ซึ่งเคยคาดว่าจะใช้เวลาทั้งหมด 15 ปี แต่เนื่องจากความร่วมมือจากนานาประเทศ อีกทั้งความก้าวทางเทคโนโลยีการวิเคราะห์ลำดับเบสและวิทยาการคอมพิวเตอร์ ทำให้ร่างของแผนที่จีโนมเสร็จก่อนเวลาในปี พ.ศ. 2543 (โดยการประกาศอย่างเป็นทางการของนายบิล คลินตัน (ประธานาธิบดีสหรัฐอเมริกาในขณะนั้น) และ นายโทนี่ แบลร์ (นายกรัฐมนตรีสหราชอาณาจักร) เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2543

ประเทศที่ร่วมโครงการ:

• ประเทศจีน
• ประเทศฝรั่งเศส
• ประเทศเยอรมนี
• ประเทศญี่ปุ่น
• สหราชอาณาจักร
• สหรัฐอเมริกา