พฤศจิกายน ค.ศ. 1942 โครงการเข้าซื้อที่ดินของโรงเรียนนี้ และให้ทหารช่างหน่วยก่อสร้างเริ่มสร้างบ้านพักและห้องทดลองในบริเวณนั้นทันที ในการสร้างห้องทดลอง ผู้ก่อสร้างได้ทำตามคำแนะนำของนักวิทยาศาสตร์ ด้วยเหตุนี้จึงมีบ่อยครั้งที่ไม่มีความกระจ่างชัดเพราะนักวิทยาศาสตร์ไม่กล้าให้เหตุผลว่าอาคารนั้นๆ สร้างเพื่อวัตถุประสงค์อะไร เพราะจะต้องปกปิดเป็นความลับ เมื่อวิศวกรสร้างตึกแล้วเสร็จนักวิทยาศาสตร์ต้องการตึกใหม่อีก และนี่คือสาเหตุให้เมืองที่ลึกลับที่สุดของเมืองเริ่มขยายใหญ่ขึ้นอย่างรวดเร็ว

นักวิทยาศาสตร์จากเมืองของสหรัฐอเมริกาและอังกฤษได้เดินทางไปอยู่ในเมืองใหม่นี้ และหายตัวไปจากโลกภายนอกเป็นเวลา 2 ปีครึ่งที่เมืองนี้โดยไม่ปรากฏในแผนที่ สถานที่นี้จึงดูคล้ายไม่ใช่เป็นส่วนหนึ่งของรัฐนิวเม็กซิโก และประชาชนที่อาศัยอยู่ไม่มีสิทธิ์ออกเสียงเลือกตั้ง สำหรับบุคคลที่ไม่เกี่ยวข้อง เมืองนี้จะไม่มีอยู่ในโลกเลย แต่สำหรับบุคคลที่อาศัยอยู่ในสถานที่นี้รู้จักในนามของ "ลอสอาลาโมส" สำหรับเพื่อนและครอบครัวของนักวิทยาศาสตร์เขียนดหมายติดต่อมาได้ที่ตู้ ป.ณ. ที่ 1663 เมืองซานตาเฟ

ตึกทุกหลังในลอสอาลาโมสทาด้วยสีเขียวเพื่อให้กลมกลืนกับหญ้าและต้นไม้ในบริเวณนั้น ในเวลากลางคืนไม่มีแสงไฟตามถนน ดังนั้นเครื่องบินข้าศึกจะค้นหาเมืองลึกลับนี้ยากมาก

รั้วลวดหนามที่ล้อมบริเวณลอสอาลาโมสมีไว้เพื่อกั้นคนภายนอกไม่ให้เข้า และกั้นคนภายในไม่ให้ออก แต่เด็กส่วนมากทราบว่ามีรูโหว่ที่รั้วที่ใดบ้าง และบางครั้งก็บอกบิดามารดาให้เข้าออกทางนั้น นอกรั้วชั้นแรกมีรั้วชั้นที่สอง เท่าที่ทราบไม่มีรูโหว่เลย เมืองนี้มีประตูใหญ่ 2 ประตู ประตูทางตะวันตกมุ่งไปสู่เนินเขาเจเมส (Jemes) และประตูทางตะวันออกหันสู่ถนนที่เริ่มจากยอดที่ราบสูงคดเคี้ยวไปมาลงไปสู่ทะเลทรายและหุบเขาริโอแกรนด์ (Rio Grande) ประตูทั้งสองมียามเฝ้าอย่างแข็งแรง แม้แต่เด็กก็ไม่สามารถเข้าหรือออกจากลอสอาลาโมสได้โดยปราศจากการแสดงบัตรผ่านที่อนุญาตให้เข้าและออกบริเวณต่อยามเฝ้าประตูก่อน จึงนับเป็นการเล่นสำคัญอันหนึ่งของเด็กที่จะซ่อนตัวอยู่ต่ำๆ ในรถที่ผ่านประตูและพยายามเข้ามาอีกโดยไม่ต้องแสดงบัตรผ่าน[6]