การแยกแยะและจัดจำแนกโครโมพลาสต์สามารถทำได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง โดยแบ่งออกเป็นสี่ประเภทหลัก ๆ ประเภทแรกประกอบด้วยโปรตีอิกสโตรมาที่มีแกรนูล ประเภทที่สองประกอบด้วยผลึกโปรตีนและเม็ดสีอสัณฐาน ประเภทที่สามประกอบด้วยผลึกโปรตีนและผลึกเม็ดสี ประเภทที่สี่คือโครโมพลาสต์ที่มีเฉพาะคริสตัล เมื่อนำมาส่องภายใต้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนจะสามารถระบุโครงสร้างย่อยได้ เช่น โกลบูล คริสตัล เมมเบรน ไฟบริลและทูบูล โครงสร้างย่อยที่พบในโครโมพลาสต์จะไม่พบในพลาสติดที่โครโมพลาสต์นั้นพัฒนามา[2]

การระบุโครงสร้างย่อยโดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนได้นำไปสู่การจำแนกประเภท โดยแบ่งโครโมพลาสต์ออกเป็น 5 ประเภทหลัก ได้แก่ โกลบูลาร์โครโมพลาสต์ คริสทัลลินโครโมพลาสต์ ไฟบริลลาร์โครโมพลาสต์ ทูบูลาร์โครโมพลาสต์และเมมเบรนัลโครโมพลาสต์[2] นอกจากนี้ยังพบว่าโครโมพลาสต์ประเภทต่างๆสามารถอยู่ร่วมกันในอวัยวะ (เช่นใบ ดอก) เดียวกันได้[3] ตังอย่างของความหลากหลายของโครโมพลาสต์ในพืชเช่น มะม่วงมีโกลบูลาร์โครโมพลาสต์ และ แครอทมีคริสทัลลินโครโมพลาสต์[4]

แม้ว่าโครโมพลาสต์บางชนิดจะจัดหมวดหมู่ได้ง่าย แต่ในพืชบางชนิดก็มีลักษณะบางอย่างที่ทำให้การจัดประเภทโครโมพลาสต์ทำได้ลำบาก เช่น มะเขือเทศ ซึ่งสะสมแคโรทีนอยด์ที่ส่วนใหญ่อยู่ในรูปผลึกไลโคปีนในโครงสร้างคล้ายเมมเบรน ลักษณะดังกล่าวทำให้จัดเป็นทั้งคริสทัลลินโครโมพลาสต์และเมมเบรนัลโครโมพลาสต์[3]