มีหลักฐานทางการแพทย์บ้างว่า สภาพวิรูปหลายอย่าง เช่น ที่หัวใจหรือที่ใบหน้า เกิดกับทารกเมื่อใช้ยาในระยะตั้งครรภ์เบื้องต้นแต่ว่า หลักฐานยังไม่ชัดเจนจนสรุปได้และหลักฐานว่ายากลุ่มเบ็นโซไดอาเซพีน เช่น โคลนาซีแพมทำให้เกิดความพิการในช่วงพัฒนาการหรือทำให้ระดับเชาวน์ปัญญาลดลงสำหรับทารกที่มารดาใช้ยาเมื่อตั้งครรภ์ ก็ยังไม่สามารถสรุปได้เช่นกันและเมื่อใช้ในช่วงปลายครรภ์ อาจมีผลเป็นอาการขาดยาแบบรุนแรงในทารกเกิดใหม่รวมทั้งภาวะกล้ามเนื้อตึงตัวน้อย (hypotonia), การหยุดหายใจ (apnea), อาการเขียวคล้ำ (cyanosis) และการตอบสนองทางเมแทบอลิซึมที่พิการต่อความหนาว[118]

ความปลอดภัยของการใช้ยาระหว่างการมีครรภ์ชัดเจนน้อยกว่ายากลุ่มเบ็นโซไดอาเซพีน อื่น ๆ และถ้า benzodiazepine เป็นยาที่บ่งว่าควรใช้ระหว่างมีครรภ์ ยา chlordiazepoxide และ diazepam อาจจะปลอดภัยกว่าดังนั้น การใช้ยาระหว่างมีครรภ์จะควรก็เมื่อเชื่อว่า ประโยชน์การรักษาคุ้มค่าความเสี่ยงต่อทารกในครรภ์เท่านั้นและก็ควรระวังการใช้ยาด้วยเมื่อกำลังให้นมกับทารก

ผลที่ไม่พึงประสงค์ที่เป็นไปได้ต่อทารกจากการใช้ยากลุ่มเบ็นโซไดอาเซพีน เช่น โคลนาซีแพมในระหว่างมีครรภ์รวมทั้งการแท้งเอง สภาวะวิรูป ทารกในครรภ์เติบโตช้า ความพิการในการทำงานของอวัยวะ อวัยวะอ่อนปวกเปียก (floppy infant syndrome) การก่อมะเร็ง และการกลายพันธุ์ (mutagenesis)อาการขาดยาของทารกเกิดใหม่ที่สัมพันธ์กับยารวมทั้งภาวะกล้ามเนื้อตึงตัวมาก (hypertonia) รีเฟล็กซ์ไวเกิน (hyperreflexia) กระวนกระวาย หงุดหงิดง่าย การนอนหลับผิดปกติ การร้องไห้แบบปลอบไม่ได้ การสั่นหรือการกระตุกของอวัยวะส่วนปลาย หัวใจเต้นช้า (bradycardia) อาการเขียวคล้ำ (cyanosis) ปัญหาการดูดนม การหยุดหายใจ (apnea) ความเสี่ยงต่อการสูดสิ่งที่กินเข้าปอด อาการท้องร่วง อาเจียน และโตช้า

อาการสามารถเกิดขึ้นระหว่าง 3 วัน ถึง 3 อาทิตย์หลังคลอดและอาจคงอยู่เป็นระยะเวลาหลายเดือนวิถีเมแทบอลิซึมของยามักจะพิการในทารกเกิดใหม่ถ้าใช้ยาในช่วงมีครรภ์หรือเมื่อให้นม แนะนำว่า ควรจะสอดส่องระดับยาในซีรัมและเช็คว่ามีการระงับระบบประสาทกลางหรือการหยุดหายใจหรือไม่ในกรณีความวิตกกังวลของหญิงมีครรภ์เป็นจำนวนมาก การรักษาโดยไม่ใช้ยา เช่น การบำบัดโดยผ่อนคลาย (relaxation therapy) จิตบำบัด และการหลีกเลี่ยงคาเฟอีน อาจเป็นทางเลือกที่มีประสิทธิผลและปลอดภัยกว่าการใช้ยากลุ่มเบ็นโซไดอาเซพีน[119]

ผัง (α1)2(β2)2(γ2) GABAA receptor complex ที่แสดงหน่วยย่อยเป็นโปรตีน 5 อย่างที่เป็นองค์ประกอบของตัวรับ (receptor), ช่องไอออนคลอไรด์ (Cl−) ที่ตรงกลาง, จุดยึดของ GABA (GABA site) 2 จุดระหว่างโปรตีน α1 และ β2,และจุดยึดของ benzodiazepine (BZD site) 1 จุดระหว่างโปรตีน α1 และ γ2