หลังจากการอภิเษกสมรสของพระเจ้าซาร์ซิเมออนที่ 2 กับธิดาตระกูลขุนนางสเปนมาร์การิตา โกเมซ-อเชโบ ยี เซจูลา ในปีพ.ศ. 2505 พระราชินีโจวันนาทรงย้ายไปพำนักที่ เอสโตริล,ประเทศโปรตุเกส ที่ซึ่งพระนางทรงพำนักในช่วงท้ายของพระชนม์ชีพ ในปีพ.ศ. 2536 พระนางเสด็จกลับบัลแกเรียเพื่อคารวะพระศพของพระเจ้าซาร์บอริสที่ 3 ในระหว่างการเสด็จเยือนบัลแกเรียครั้งนั้นซึ่งเป็นครั้งสุดท้ายตลอดพระชนม์ชีพพระนาง พระนางทรงได้รับการต้อนรับจากพสกนิกรชาวบัลแกเรียหลายพันคนบนถนน ทุกคนมาเพื่อถวายการต้อนรับพระนาง

สมเด็จพระราชินีโจวันนาเสด็จสวรรคตในวันที่ 26 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2543 สิริพระชนมายุ 92 พรรษา พระศพได้ถูกฝังที่อาซิชิ ประเทศอิตาลี ที่ซึ่งพระนางทรงอภิเษกสมรสกับพระสวามีครั้งแรก