หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 บัลแกเรียถูกโจมตีโดยสหภาพโซเวียต เจ้าชายคิริลและคณะผู้สำเร็จราชการ,อดีตรัฐมนตรี 22 คน,ผู้แทนราษฎร 67 คน,ที่ปรึกษาพระราชวงศ์ 8 คนและเจ้าหน้าที่ระดับสูง 47 คน รวมถึงผู้ต่อต้านโซเวียตกว่าพันคนถูกสั่งประหารชีวิตทั้งหมด พระราชวงศ์ที่เหลือได้แก่ สมเด็จพระราชินีโจวันนา,พระเจ้าซาร์ซิเมออนที่ 2 ,เจ้าหญิงมารี หลุยส์แห่งบัลแกเรีย พระธิดาและเจ้าหญิงยูโดเซียแห่งบัลแกเรีย พระขนิษฐาของพระเจ้าซาร์บอริส ได้รับการอนุญาตให้พำนักที่พระราชวังวรานาใกล้กรุงโซเฟียในขณะที่ได้มีการแต่งตั้งคณะผู้สำเร็จราชการคอมมิวนิสต์ชุดใหม่ ในบันทึกของพระนางทรงได้เล่าว่า "ทหารโซเวียตในครั้งนั้นได้มีความสนุกจากไล่ยิงพสกนิกรในทุกๆที่ที่นอกเหนือจากได้รับคำสั่งจากคณะรัฐบาลซึ่งตอนนั้นฉันกำลังเดินกับลูกๆอยู่ที่ที่นั้น"

ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2489 ได้มีการลงคะแนนเสียงภายในกองทัพโซเวียต ผลออกมาร้อยละ 97 เห็นด้วยในการสถาปนาสาธารณรัฐประชาชนบัลแกเรียและล้มล้างพระราชวงศ์และระบอบกษัตริย์ โดยให้พระราชวงศ์เตรียมตัว 1 เดือนเพื่อออกจากประเทศแต่เพียงวันเดียวคือในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2489 พระราชวงศ์ได้ถูกบังคับให้ออกจากบัลแกเรีย อย่างไรก็ตามพระเจ้าซาร์ซิเมออนทรงไม่เคยลงพระนามในเอกสารสละราชบัลลังก์อย่างเป็นทางการ พระราชวงศ์ทั้งหมดจึงต้องลี้ภัยไปที่อเล็กซานเดรีย ประเทศอียิปต์ที่ซึ่งพระบิดาของพระนางคือ สมเด็จพระเจ้าวิคเตอร์ เอ็มมานูเอลที่ 3 แห่งอิตาลีพำนักอยู่หลังจากทรงลี้ภัยจากอิตาลี พระองค์และพระราชวงศ์ทรงมีความเป็นอยู่อย่างยากลำบากโดยทรงมีทรัพย์เพียงพระองค์ละ 200 ดอลลาร์สหรัฐเท่านั้น ต่อมาพระเจ้าวิกเตอร์ เอ็มมานูเอลผู้เป็นพระราชบิดาได้เสด็จสวรรคตลง ทรงมอบมรดกให้แก่พระธิดาซึ่งก็คือ สมเด็จพระราชินีโจวันนา ทำให้ราชวงศ์ทรงมีความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นมาก ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2494 รัฐบาลสเปนนำโดยจอมพลฟรันซิสโก ฟรังโกได้เชิญพระราชวงศ์ลี้ภัยที่สเปน