ตั้งแต่วันนั้น โฌเซฟีนก็ไม่ได้ก่อเรื่องอื้อฉาวขึ้นมาอีกเลย แต่นโปเลียนเริ่มไม่วางใจในตัวโฌเซฟีนอีกต่อไป เขามอบความเย็นชาให้กับนาง และไม่นานนโปเลียนไปหาผู้หญิงอื่นที่พร้อมจะเป็นคุณนายโบนาปาร์ตกันทั้งสิ้น โฌเซฟีนมอบความรักให้มากขึ้นเท่าที่นโป้ลียนได้ทวีความเย็นชาต่อนาง เมื่อนโปเลียนได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นจักรพรรดิแห่งฝรั่งเศส โฌเซฟีนได้รับการสวมมงกุฎเป็นจักรพรรดินีจากนโปเลียน หลังจากนั้นโฌเซฟีนไม่สามารถที่จะมีพระโอรสให้แก่จักรพรรดิได้ โฌเซฟีนจึงต้องหย่าขาดจากนโปเลียนในที่สุด หลังจากนั้นโฌเซฟีนก็ย้ายไปอยู่ที่คฤหาสน์มาลเมซอง เพื่อเปิดทางให้จักรพรรดินีพระองค์ใหม่ซึ่งก็คือ อาร์คดัชเชสมารี หลุยส์แห่งออสเตรีย ซึ่งต่อมาพระนางก็ให้กำเนิดพระโอรสคือจักรพรรดินโปเลียนที่ 2 แห่งฝรั่งเศส นั่นเอง โฌเซฟีนใช้เวลาให้ผ่านไปกับการทำสวนดอกไม้ ซึ่งโดยเฉพาะกุหลาบที่ชอบมากที่สุด จนสวนดอกไม้ของโฌเซฟีนเป็นสวนที่สวยที่สุดในปารีส นโปเลียนจะมาเยี่ยมและสนทนารวมทั้งปรึกษาเรื่องต่าง ๆ เสมอ จนกระทั่งในปี ค.ศ. 1814 นโปเลียนพ่ายแพ้แก่กองทัพสัมพันธมิตรอย่างยับเยิน นโปเลียนถูกบังคับให้สละราชสมบัติและถูกย้ายไปที่เกาะเอลบา แต่ก็ทรงมาเยี่ยมโฌเซฟีนด้วย และในขณะที่โฌเซฟีนมีอายุ 51 ปี โฌเซฟีนก็ได้เสียชีวิต (คาดว่าน่าจะเป็นปอดบวม) ขณะกำลังเดินเล่นในสวนที่หนาวเย็นในเสื้อผ้าที่บางเบา เมื่อนโปเลียนทราบข่าวถึงกับขังตัวเองไว้ในห้องถึง 3 วัน เมื่อนโปเลียนหลบหนีออกจากเกาะเอลบามาได้พระองค์ก็เดินทางไปยังคฤหาสน์มาลเมซองในสมัยที่โฌเซฟีนยังมีชีวิตอยู่เธอชอบกลิ่นของดอกไวโอเลตมาก เธอจะพรมตัวด้วยกลิ่นของดอกไวโอเลตอยู่เป็นประจำ เมื่อนโปเลียนไปที่คฤหาสน์พระองค์ก็นำล็อกเกตไปใส่ดอกไวโอเลต และเก็บล็อกเกตนี้ไว้จนกระทั่งวาระสุดท้ายของชีวิตพระองค์ คำพูดสุดท้ายของนโปเลียนคือ "ฝรั่งเศส...กองทัพ...โฌเซฟีน..." ("France, armée, Joséphine") นั่นเป็นหลักฐานว่านโปเลียนรักโฌเซฟีนมาก เพียงแต่ไม่มีเวลาที่จะอยู่ร่วมกันเท่านั้น[3]