โทะกุงะวะ อิเอะมิสึ กำเนิดในปีค.ศ. 1604 ที่ปราสาทเอะโดะ เป็นบุตรชายคนแรกของโทะกุงะวะ ฮิเดะทะดะ และนางโก (Gō, 江 หลานสาวของโอดะ โนะบุนะงะ) มีชื่อว่า ทะเกะชิโยะ (Takechiyo, 竹千代) อันเป็นชื่อบังคับของบุตรชายคนแรกของตระกูลโทะกุงะวะ มีพี่สาวทั้งหมดสี่คน มีน้องชายหนึ่งคนและน้องสาวอีกหนึ่งคน ปีต่อมาในค.ศ. 1605 ปฐมโชกุนโทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ได้สละตำแหน่งโชกุนให้แก่โทะกุงะวะ ฮิเดะตะดะ บิดาของทะเกะชิโยะ ทะเกะชิโยะไม่เป็นที่โปรดปรานของนางโก มารดาของตน จึงถูกปล่อยให้นางคะสุงะ (Kasuga-no-Tsubone, 春日局) แม่นมเป็นผู้ดูแล นางโกได้ชักจูงให้โชกุนฮิเดะทะดะสามีของตนแต่งตั้งโทะกุงะวะ ทาดะนะงะ (Tokugawa Tadanaga, 徳川忠長) บุตรชายคนโปรดของตนเป็นทายาทแทนพี่ชาย แต่โอโงโชอิเอะยะซุยังคงยืนกรานที่จะให้อิเอะมิสึสืบทอดตำแหน่งโชกุน ในค.ศ. 1617 ทะเกะชิโยะได้ทำพิธี เก็นปุกุและรับชื่อว่า โทะกุงะวะ อิเอะมิสึ และโชกุนอิเดะทะดะได้แต่งตั้งให้อิเอะมิสึเป็นทายาทอย่างเป็นทางการ