ในค.ศ. 1623 โชกุนฮิเดะทะดะได้สละตำแหน่งโชกุนให้แก่อิเอะมิสึ อิเอะมิสึจึงได้สืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อจากบิดาแต่อำนาจอันแท้จริงยังคงอยู่ที่บิดาคือฮิเดะทะดะในฐานะ โอโงโช ในค.ศ. 1624 โอโงโชฮิเดะทะดะและโชกุนอิเอะมิสึได้จัดขบวนอย่างใหญ่โตเดินทางไปยังเมืองเคียวโตะ พำนักที่ปราสาทนิโจ เพื่อเจริญสัมพันธไมตรีกับราชสำนัก ในโอกาสที่น้องสาวของโชกุนอิเอะมิสึคือ พระจักรพรรดินีมะซะโกะ (Masako, 和子) ในพระจักรพรรดิโก-มิซุโน (Go-Mizunoo, 後水尾) ได้ประสูติพระธิดาในปีนั้น (ภายหลังคือ พระจักรพรรดินีเมโช) ซึ่งเป็นติดต่อกันครั้งสุดท้าย ระหว่างเอะโดะรัฐบาลโชกุนกับราชสำนักที่เคียวโตะในรอบสองร้อยปี จนกระทั่งเกิดเหตุการณ์จีวรสีม่วง (Shie-jiken, 紫衣事件) ในค.ศ. 1629 ซึ่งทางรัฐบาลโชกุนได้กล่าวหาราชสำนักเคียวโตะว่า ได้ทำการมอบจีวรสีม่วงอันเป็นเครื่องประดับยศของพระสงฆ์ระดับสูง ให้แก่พระสงฆ์เกินจำนวนที่รัฐบาลโชกุนได้จำกัดไว้ รัฐบาลโชกุนจึงได้ยกเลิกเกียรติยศของพระสงฆ์เหล่านั้นและเนรเทศไป ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างราชสำนักเคียวโตะและรัฐบาลโชกุนต้องขาดสะบั้นลง

ในค.ศ. 1631 โชกุนอิเอะมิสึตัดสินใจที่จะกักบริเวณน้องชายของตนเอง คือ ทะดะนะงะ ไว้ในแคว้นของตนคือแคว้นโคะฟุ (Kofu, 甲府) ในค.ศ. 1632 โอโงโชฮิเดะตะดะถึงแก่อสัญกรรม ทำให้โชกุนอิเอะมิสึมีอำนาจปกครองญี่ปุ่นได้อย่างเต็มที่ เมื่อ โอโงโช ฮิเดะตะดะ ถึงแก่กรรมไปแล้ว โชกุนอิเอะมิสึจึงได้มีคำสั่งให้ทะดะนะงะน้องชายของตนกระทำการเซ็ปปุกุเสียชีวิตไปในค.ศ. 1634

ในค.ศ. 1635 โชกุนอิเอะมิสึได้ออกกฎหมายซะมุไร หรือ บุเกะ ชุฮัตโตะ (Buke-Shuhatto, 武家諸法度) ฉบับใหม่ โดยได้นำหลัก ซันกิน-โคไต (Sankin-kōtai, 参勤交代) เป็นการลดอำนาจของไดเมียว โดยการบังคับให้ไดเมียวเจ้าแคว้น จะต้องพำนักอยู่ในเมืองเอะโดะเป็นเวลาหนึ่งปี และออกไปพำนักอยู่ที่แคว้นของตนเป็นเวลาอีกหนึ่งปี สลับกันไปทุกปี โดยที่ภรรยาเอกและทายาทพำนักอยู่ในเมืองเอะโดะตลอดเวลา การเดินทางไปกลับจากแคว้นของตนและเมืองเอะโดะ ด้วยขบวนที่ใหญ่โตอลังการทำให้ไดเมียวเจ้าแคว้นต้องเสียค่าใช้จ่ายมาก และไม่สามารถสั่งสมอำนาจในแคว้นของตนได้ อีกทั้งรัฐบาลโชกุนยังบังคับให้ไดเมียวสร้างคฤหาสน์ใหญ่ในเมืองเอะโดะอีกอย่างน้อยคนละสามหลัง นโยบายนี้บังคับใช้ไปตลอดยุคเอะโดะ

กบฏชิมะบะระ

โชกุนอิเอะมิสึได้ช่วยเหลือบิดาของตนในการกวาดล้างและลงโทษชาวคริสเตียนมาอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะบนเกาะคิวชูอันเป็นแหล่งเผยแผ่ศาสนาของมิชชันนารีชาวโปรตุเกสมาตั้งแต่สมัยเซ็งโงะกุ มีชาวญี่ปุ่นจำนวนมากรวมทั้งไดเมียวบางคนเข้ารีต หลังจากนโยบายกดขี่ชาวคริสเตียนอย่างหนักหน่วงและความแห้งแล้งอดอยาก ทำให้ชาวญี่ปุ่นคริสต์บนแหลมชิมะบะระ (Shimabara, 島原) และเกาะอะมะกุซะ (Amakusa, 天草) อันเป็นส่วนหนึ่งของเกาะคิวชู ลุกฮือขึ้นต่อกต้านการปกครองของรัฐบาลโชกุนตระกูลโทะกุงะวะในค.ศ. 1637 นำโดยหนุ่มชาวนาชื่อว่า อะมะกุสะ ชิโร่ (Amakusa Shirō, 天草 四郎) เรียกว่า กบฏชิมะบะระ (Shimabara-no-ran, 島原の乱)

กองทัพกบฏชาวบ้านได้เข้าโจมตีปราสาทชิมะบะระ อันเป็นปราสาทของไดเมียวเจ้าแคว้นแต่ไม่สำเร็จ จึงได้เข้ายึดปราสาทฮะระ (Hara-jō, 原城) อันเป็นปราสาทว่างเปล่าเป็นฐานที่มั่น ทางฝ่ายบะกุฟุได้ส่ง อิตะกุระ ชิเงะมะสะ (Itakura Shigemasa, 板倉重昌) ยกทัพมาทำการล้อมปราสาทฮะระ นอกจากนี้ยังได้ขอความช่วยเหลือไปยังชาวฮอลันดาที่เมืองท่าฮิระโดะ ให้ส่งเรือรบมาช่วยปราบกบฏ แม้กระนั้นกบฏชาวบ้านก็ยังต่อสู้ป้องกันปราสาทอย่างแข็งขัน จนกระทั่งอิตะกุระ ชิเงะมะสะ ถูกสังหารในที่รบในค.ศ. 1638 รัฐบาลโชกุนจึงส่งมะสึไดระ โนะบุสึนะ (Matsudaira Nobutsuna, 松平信綱) มาแทน เป็นเวลาเดียวกับที่ชาวบ้านเริ่มจะอ่อนกำลังและขาดเสบียง ทำให้ทัพของรัฐบาลโชกุนเข้ายึดปราสาทฮะระได้ในที่สุด

กบฏชาวบ้านจำนวนมากถูกประหารชีวิตที่เมืองนะงะซะกิ กบฏชิมะบะระเป็นยุทธการทางทหารครั้งยิ่งใหญ่ที่สุดในสมัยเอะโดะ ทั้งยังมีการขอความช่วยเหลือจากฮอลันดา มาต่อสู้กับการลุกฮือที่ประกอบด้วยชาวบ้านเท่านั้น

นโยบายปิดประเทศ

กบฏชิมะบะระทำให้ทัศนคติของโชกุนอิเอะมิสึที่มีต่อชาวตะวันตกและคริสต์ศาสนาแย่ลง อีกทั้งยังได้รับอิทธิพลจากฮะยะชิ ระซัง (Hayashi Razan, 林羅山) นักปราชญ์ขงจื้อและที่ปรึกษาคนสำคัญของโชกุน โชกุนอิเอะมิสึจึงได้ดำเนินนโยบายอย่างราชวงศ์หมิงและอาณาจักรโชซอน คือนโยบายปิดประเทศ หรือ ซะโกะกุ (Sakoku, 鎖国) เป็นกฎหมายต่างๆที่ประกาศออกมาในช่วงตั้งแต่ค.ศ. 1633 ถึง ค.ศ. 1638 จำนวนห้าฉบับ

ในค.ศ. 1631 โชกุนอิเอะมึสึได้จัดตั้งเรือ โฮโชะเซ็น (Hōsho-sen, 奉書船) อันเป็นเรือที่ต้องมีหนังสืออนุญาตจากโรจู ขึ้นมาแทนที่เรือชูอินเซ็น (Shuinsen, 朱印船) หรือเรือตรงแดงที่ใช้มาตั้งแต่ค.ศ. 1604

• ค.ศ. 1632 กฎหมายปิดประเทศฉบับที่หนึ่ง อนุญาตให้เรือโฮโชะเซ็นเท่านั้นที่สามารถออกไปค้าขายต่างประเทศได้ และห้ามชาวญี่ปุ่นที่อาศัยอยู่นอกประเทศเกินห้าปีกลับเข้ามาในญี่ปุ่น
• ค.ศ. 1634 กฎหมายปิดประเทศฉบับที่สอง เน้นย้ำกฎหมายปิดประเทศฉบับที่หนึ่ง
• ค.ศ. 1635 กฎหมายปิดประเทศฉบับที่สาม อนุญาตให้เรือสินค้าจีนและฮอลันดาเทียบท่าได้ที่เมืองนะงะซะกิเท่านั้น ห้ามชาวญี่ปุ่นที่เดินทางออกนอกประเทศไปกลับเข้ามาอีก
• ค.ศ. 1636 กฎหมายปิดประเทศฉบับที่สี่ เนรเทศชาวโปรตุเกสที่ไม่ใช่พ่อค้าทั้งหมดไปที่เมืองมาเก๊า ส่วนที่เหลือที่เป็นพ่อค้าให้อยู่ที่นะงะซะกิและเดจิมะ
• ค.ศ. 1639 กฎหมายปิดประเทศฉบับที่ห้า ห้ามมิให้เรือโปรตุเกสมาเทียบท่าที่ญี่ปุ่นอีก

โชกุนอิเอะมิสึได้ให้มีการถมทะเลขึ้นมาเป็นเกาะที่ริมทะเลเมืองนะงะซะกิ เรียกว่า เกาะเดะจิมะ (Dejima, 出島) หรือ "เกาะทางออก" ในค.ศ. 1634 โดยไม่ถือว่าเป็นส่วนหนึ่งของผืนแผ่นดินญี่ปุ่น สถานีการค้าของฮอลันดาจากเดิมที่อยู่ที่เมืองท่าฮิระโดะมาตั้งแต่ค.ศ. 1609 ได้ถูกคำสั่งจากบะกุฟุให้ย้ายไปที่เกาะเดะจิมะในค.ศ. 1641

นโยบายการปิดประเทศโดยที่มีชาวฮอลันดาเป็นชาวตะวันตกเพียงชาติเดียวที่สามารถติดต่อค้าขายกับญี่ปุ่นได้นั้น จะยังคงสภาพเช่นนี้ไปอีกสองร้อยปี จนกระทั่งญี่ปุ่นถูกสหรัฐอเมริกาบังคับให้เปิดประเทศในค.ศ. 1854

บั้นปลายชีวิต

ในค.ศ. 1642 เกิดทุพภิกขภัยปีคังเอ (Kan'ei-no-daikikin, 寛永の大飢饉) โชกุนอิเอะมิสึถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1650 บุตรชายคนโต คือ โทะกุงะวะ อิเอะสึนะ (Tokugawa Ietsuna, 徳川家綱) สืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อมา