โทกูงาวะ โยชิโนบุ ในเครื่องแบบนายทหารฝรั่งเศส, ค.ศ. 1867

ด้วยความหวาดกลัวต่อการเสริมความมั่นคงของรัฐบาลโชกุนภายใต้ผู้นำที่เข้มแข็งและเฉลียวฉลาด ซามูไรจากแคว้นซัตสึมะ แคว้นโจชู และแคว้นโทซะ ได้รวมกลุ่มเป็นพันธมิตรต่อต้านรัฐบาลใหม่ ภายใต้คำขวัญ "เทิดทูนจักรพรรดิ ขับคนป่าเถื่อน" ("ซนโนโจอิ") และผสมด้วยความกล้วว่าโชกุนผู้นี้จะเป็นเหมือนดั่ง "กำเนิดใหม่ของอิเอยาซุ" ซึ่งจะช่วงชิงอำนาจจากจักรพรรดิสืบต่อไป ทั้งหมดจึงร่วมกันปฏิบัติการเพื่อนำมาซึ่งจุดจบของระบอบโชกุน แม้ว่าเป้าหมายในบั้นปลายของแต่ละฝ่ายจะแตกต่างกันก็ตาม โดยเฉพาะอย่างยิ่ง แคว้นโทซะซึ่งมีแนวคิดทางการเมืองสายกลางมากกว่าอีกสองแคว้น ได้เสนอการประนีประนอมโดยให้โชกุนโยชิโนบุยอมสละตำแหน่งของตนเสีย แต่ยังคงให้สิทธิเป็นประธานสภาปกครองประเทศชุดใหม่ที่จะตั้งขึ้นอันประกอบด้วยไดเมียวจากแคว้นต่างๆ ในที่สุดแล้ว ยามาโนะอูจิ โทโยโนริ ไดเมียวแห่งโทซะ พร้อมด้วยโกะโต โชจิโร ผู้เป็นที่ปรึกษาคนสนิท ก็ได้เรียกร้องให้โยชิโนบุลาออกจากตำแหน่ง[18] เพื่อให้แนวทางดังกล่าวมีความเป็นไปได้ในทางปฏิบัติ

โทกูงาวะ โยชิโนบุ บัญชาการการรบเพื่อป้องกันปราสาทโอซะกะในช่วงสงครามโบะชิง ค.ศ. 1868 (ภาพเขียนราว ค.ศ. 1870)เมื่อตระหนักว่าฝ่ายศัตรูยกทัพมาพร้อมด้วยราชธวัชของจักรพรรดิ โทกูงาวะ โยชิโนบุ ได้ตัดสินใจละทิ้งปราสาทโอซะกะและหลบหนีกลับมายังนครเอะโด (ภาพเขียนราว ค.ศ. 1870)

โยชิโนบุได้สละตำแหน่งในปลายปีค.ศ. 1867 ยังผลคือการถวายอำนาจการปกครองบ้านเมืองคืนแก่จักรพรรดิอย่างเป็นทางการ[19] หลังจากนั้นจึงมีการถอนกำลังรบของรัฐบาลโชกุนจากนครหลวงเกียวโตมาประจำอยู่ที่เมืองโอซะกะ อย่างไรก็ตาม แคว้นซัตสึมะและแคว้นโจชูถึงแม้จะสนับสนุนการจัดตั้งสภาไดเมียว แต่ก็คัดค้านในการให้โยชิโนบุขึ้นเป็นประธานสภาดังกล่าว[18] ทั้งสองแคว้นได้รับราชโองการลับจากจักรพรรดิ[18] ให้ใช้กำลังในการต่อต้านโยชิโนบุ (ซึ่งภายหลังได้มีการพิสูจน์ว่าเป็นการปลอมเอกสาร)[20] และเคลื่อนกำลังพลจำนวนมากของทั้งสองแคว้นเข้าสู่กรุงเกียวโต[21] มีการเรียกประชุมโดยฝ่ายราชสำนักเกิดขึ้น เพื่อริบยศศักดิ์และที่ดินทั้งหมดของโยชิโนบุ[22] ถึงแม้ว่าจะไม่มีปฏิกิริยาใดที่อาจตีความได้ว่าฝ่ายโยชิโนบุจะทำความผิดหรือก่อความรุนแรงก็ตาม สำหรับผู้ที่คัดค้านการประชุมดังกล่าวก็ถูกกีดกันไม่ให้เข้าร่วมประชุมด้วย[21] โยชิโนบุแสดงท่าทีคัดค้านและร่างหนังสือประท้วงเพื่อจะนำส่งไปยังราชสำนัก[23] ด้วยการร้องขอของบริวารจากแคว้นไอสึ แคว้นคุนะวะ และแคว้นอื่นๆ รวมทั้งผู้ที่เห็นด้วยส่วนน้อยนิดจากซัตสึมะและโจชู โยชิโนบุได้เคลื่อนพลจำนวนมากไปกับตนเพื่อนำหนังสือดังกล่าวไปสู่ราชสำนัก[24]

เมื่อกองทัพโทกูงาวะมาถึงนอกนครหลวงเกียวโต ขบวนทัพทั้งหมดถูกยับยั้งไม่ให้เข้ามาในเขตพระนครหลวงและถูกโจมตีโดยทัพของซัตสึมะและโจชู เปิดฉากการปะทะกันครั้งแรกของสงครามโบะชิงในยุทธการโทะบะ-ฟุชิมิ[25] แม้กำลังของฝ่ายโทกูงาวะจะเหนือกว่า แต่โยชิโนบุได้ละทิ้งกองทัพของตนท่ามกลางการต่อสู้เมื่อตระหนักว่าฝ่ายซัตสึมะและโจชูต่อสู้ภายใต้ราชธวัชของพระจักรพรรดิ และหลบหนีไปยังนครเอโดะ[26] เขาได้กักกันตนเองให้อยู่แต่ในที่พัก และนำส่งหนังสือยอมสวามิภักดิ์ถวายแก่พระจักรพรรดิ ข้อตกลงสันติภาพได้ถูกส่งมายังโยชิโนะบุผ่านทางทะยะสึ คะเมะโนะสุเกะ ประมุขผู้เยาว์แห่งสาขาหนึ่งของตระกูลโทกูงาวะ ผู้ซึ่งโยชิโนบุได้รับเลี้ยงเป็นบุตรบุญธรรมและแต่งตั้งให้เป็นประมุขของตระกูลโทกูงาวะ[27] ในวันที่ 11 เมษายน ค.ศ. 1868 ปราสาทเอโดะได้ถูกส่งมอบแก่กองทัพในสมเด็จพระจักรพรรดิ[28][29] และเมืองเอโดะทั้งเมืองได้ถูกเว้นจากการทำลายด้วยสงคราม

พร้อมกันกับคะเมะโนะสุเกะ (ภายหลังได้เปลี่ยนชื่อเป็น "โทกูงาวะ อิเอซาโตะ") โยชิโนบุได้ย้ายไปอยู่ที่ชิซูโอกะ ซึ่งเป็นถิ่นฐานที่โทกูงาวะ อิเอยาซุ ผู้สถาปนารัฐบาลเอโดะใช้ชีวิตหลังออกจากตำแหน่งโชกุนเมื่อหลายศตวรรษก่อน อิเอซาโตะได้รับการแต่งตั้งให้เป็นไดเมียวแห่งแคว้นชิซูโอกะ แต่ในอีกไม่กี่ปีต่อมาก็สูญเสียฐานะดังกล่าวไป เนื่องจากระบบแว่นแคว้นและระบบศักดินาแบบดั้งเดิมทั้งหมดถูกรัฐบาลเมจิยกเลิก

ฮาตาโมโตะ (ซามูไรผู้ขึ้นตรงต่อโชกุน) จำนวนมาก ได้ย้ายติดตามโยชิโนบุมาตั้งถิ่นฐานที่ชิซูโอกะด้วย แต่ด้วยจำนวนฮาตาโมโตะที่มีมาก ทำให้โยชิโนบุไม่สามารถหารายได้มาดูแลคนเหล่านี้ได้เพียงพอ ผลก็คือมีฮาตาโมโตะจำนวนมากที่เกลียดชังโยชิโนบุ บางส่วนส่วนถึงขนาดต้องการจะเอาชีวิตเขาด้วยก็มี[30] โยชิโนบุระมัดระวังตัวเองในเรื่องนี้และหวาดกลัวต่อการลอบสังหาร จนต้องคอยสลับตารางเวลานอนของตนเอง เพื่อสร้างความสับสนแก่บรรดามือสังหารที่อาจเข้ามาฆ่าตนได้ทุกเมื่อ[31]

ภายหลังโยชิโนบุและครอบครัวทั้งหมด ได้ย้ายกลับมาอยู่ที่เอโดะ (ซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็นกรุงโตเกียว) ในปีค.ศ. 1897 ตราบจนถึงวันสุดท้ายของชีวิต