ในระยะหลังๆ เซอร์ โทมัส สแตมฟอร์ด แรฟเฟิลส์เริ่มเบื่อหน่ายการงานเนื่องจากมีศัตรูทางการเมืองมากจึงหันความสนใจไปในด้านธรรมชาติวิทยา เขาอยู่ดูแลการก่อตั้งสิงคโปร์จริงๆ เพียง 8 เดือน เมือเห็นว่าเรียบร้อยดีก็ออกเดินทางกลับประเทศอังกฤษเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2367 แต่แม้จะเป็นช่วงเวลาที่สั้น แรฟเฟิลส์ก็ได้รับการยอมรับว่าเป็นผู้ก่อตั้งสิงคโปร์

ในปี พ.ศ. 2368 เซอร์ โทมัส สแตมฟอร์ด แรฟเฟิลส์ได้ร่วมก่อตั้งสมาคมสัตวศาสตร์แห่งลอนดอนและสวนสัตว์ลอนดอนและได้รับเลือกเป็นนายกสมาคมคนแรก แต่ในปีต่อมาแรฟเฟิลส์ก็ได้เสียชีวิตจากการตกเลือดในสมองก่อนที่จะมีอายุครบ 45 ปี เพียง 1 วัน แรฟเฟิลส์นับได้ว่าเป็นบุคคลที่มีความโศกเศร้าในชีวิตในโลกตะวันออกไม่น้อย เขาเสียภริยาในชวาและลูกอีก 3 คนในเบนคูเลน และเนื่องจากการเป็นนักต่อต้านการค้าทาส ศพแรฟเฟิลส์ถูกห้ามมิให้ฝังในบริเวณโบสถ์ที่บ้านเกิด (โบสถ์เซนต์แมรี่ เมืองเฮนดอน) โดยพระราชาคณะของเขตปกครองนั้นซึ่งมีครอบครัวที่เคยมีรายได้จากการค้าทาส แต่ในภายหลังเมื่อมีการขยายตัวโบสถ์เมื่อประมาณ พ.ศ. 2465 หลุมฝังศพของแรฟเฟิลส์จึงได้เข้ามาอยู่ในตัวอาคาร