เมื่อมีคำพิพากษาถึงที่สุดให้ประหารชีวิตผู้ใดแล้ว ศาลที่เป็นเจ้าของคดีจะได้ออกหมายจำคุกเมื่อคดีถึงที่สุด ส่งไปยังผู้บัญชาการเรือนจำในท้องที่ที่ศาลนั้นตั้งอยู่ หมายจะระบุถึงชื่อโจทก์ จำเลย ฐานความผิด จำเลยต้องโทษตามบทกฎหมายใด มาตราใด พร้อมคำสั่งว่าภายใต้บังคับบทบัญญัติแห่งพระราชบัญญัติราชทัณฑ์ พ.ศ. 2479 ให้ประหารชีวิตจำเลย เมื่อผู้บัญชาการเรือนจำได้รับหมายดังกล่าวแล้ว จะนำนักโทษไปประหารชีวิตในทันทีไม่ได้ ต้องรอให้ครบกำหนด 60 วัน นับแต่วันฟังคำพิพากษาตามมาตรา 262 ถ้านักโทษหรือผู้มีประโยชน์เกี่ยวข้องได้ยี่นฎีกาขอ พระราชทานอภัยโทษ และทรงยกเรื่องราวมาก่อนครบ 60 วัน ก็ดำเนินการประหารชีวิตได้

ในทางปฏิบัติ เมื่อนักโทษได้ยื่นฎีกาขอพระราชทานอภัยโทษแล้ว ต้องรอฟังพระบรมราชวินิจฉัยเสียก่อน จึงจะดำเนินการขั้นต่อไป ฎีกาของนักโทษประหารให้ยื่นได้ครั้งเดียวเท่านั้น ในการประหารชีวิตนักโทษนั้น ให้มีคณะกรรมการเป็นผู้ดำเนินการ ประกอบด้วย ผู้บัญชาการเรือนจำในท้อง ที่ที่ทำการประหาร เป็นประธานกรรมการ เจ้าพนักงานเรือนจำระดับหัวหน้าฝ่าย แพทย์การประหารชีวิตส่วนมากจะทำที่เรือนจำกลางบางขวาง ซึ่งกำหนดให้ผู้ว่าราชการจังหวัดนนทบุรีหรือผู้แทนร่วมเป็นคณะกรรมการด้วย โดยกรมราชทัณฑ์จัดผู้แทนไปดูแลความเรียบร้อยในการประหารชีวิต ก่อนวันประหารชีวิต ให้เจ้าหน้าที่ตำรวจทำการพิมพ์ลายนิ้วมือของผู้ถูกประหาร พร้อมทั้งรับแผ่นพิมพ์ลายนิ้วมือของนักโทษที่มีอยู่ในสำนวนและหมายศาลมาทำการตรวจสอบ การตรวจสอบนั้นให้สอบกับแผ่นพิมพ์ลายนิ้วมือที่เก็บอยู่ ณ กองทะเบียนประวัติอาชญากร ตามเลขคดีและนามผู้ต้องโทษ เมื่อตรวจแล้วรายงานผลการตรวจสอบและส่งแผ่นพิมพ์ลายนิ้วซึ่งได้จัดการพิมพ์ขึ้นคราวนี้ 1 ฉบับ กับแบบพิมพ์ลายนิ้วมือของผู้ต้องโทษที่เอาไปจากสำนวนตามหมายศาลไปยังคณะกรรมการ เรือนจำซึ่งมีหน้าที่ต้องทำการประหารทำการตรวจสอบคดี ตำหนิ รูปพรรณตามทะเบียนรายตัว ทำบันทึกไว้เป็นหลักฐานเพื่อมิให้มีการประหารผิดตัว

เมื่อถึงกำหนดวันประหารชีวิต เจ้าพนักงานเรือนจำจะจัดนิมนต์พระสงฆ์แสดงพระธรรมเทศนาให้นักโทษที่ถูก ประหารที่นับถือศาสนาพุทธ ส่วนนักโทษที่มิได้นับถือศาสนาพุทธ มีความปรารถนาจะประกอบพิธีกรรมตามศาสนาก็อนุญาตได้ตามสมควร หากนักโทษมีความประสงค์จะขอทำพินัยกรรมก็จะจัดการทำให้จัดหาอาหารมื้อสุดท้ายให้นักโทษก่อนนำไปประหาร ผู้บัญชาเรือนจำจะนำคำสั่งอธิบดีกรมราชทัณฑ์ พร้อมด้วยสำเนาคำพิพากษาอ่านให้นักโทษฟัง นำนักโทษประหารไปยังที่จัดเตรียมไว้ คือห้องฉีดยาพิษ ผู้ได้รับมอบหมายดำเนินการฉีดยาพิษให้นักโทษ ตามลำดับ ให้คณะกรรรมการซึ่งคือแพทย์ทำการตรวจนักโทษว่าได้เสียชีวิตแล้วจริง พิมพ์ลายนิ้วมือลงนามรับรองว่าเป็นลายนิ้วมือของนักโทษประหารจริง ส่วนศพถ้ามีญาติมารับก็อนุญาตถ้าไม่มีญาติมาขอรับ เรือนจำจะดำเนินการให้ ตามระเบียบกรมราชทัณฑ์ กำหนดให้ประหารชีวิตก่อน 07.00 น. ตั้งแต่พ.ศ. 2505 ได้เปลี่ยนมาดำเนินการใน เวลาเย็น ตั้งแต่เวลา 18.00 น.เป็นต้นไป