747-400

747-400 ขยายความกว้างของปีกอีก 2 เมตร (6 ฟุต) รวมถึงติดตั้งวิงเล็ตอีก 2 เมตร (6 ฟุต) เมื่อเทียบกับรุ่น -300 และยังขยายความยาวพื้นที่ของชั้นสองเพิ่มขึ้นด้วย ทั้งนี้แม้ว่าความยาวของปีกจะเพิ่ม แต่น้ำหนักของปีกลดลง เนื่องจากใช้วัสดุคอมโพสิตและอะลูมิเนียมอัลลอย

การผลิตของ 747-400 สิ้นสุดลงเมื่อวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2550[2] โดยผู้สั่งซื้อลำสุดท้ายเป็นของไชน่าแอร์ไลน์เมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2545 และส่งมอบเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2550

747-400F

747-400F (Freighter) เป็นเครื่องบินขนส่งสินค้า ซึ่งใช้ลำตัวเครื่องจาก 747-200F และแตกต่างจาก -400 ที่เป็นเครื่องบินโดยสาร ตรงที่ความยาวของชั้นสองสั้นกว่าอย่างเห็นได้ชัด โดยเริ่มทดสอบการบินครั้งแรกเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และเริ่มให้บริการครั้งแรกโดยคาร์โกลักซ์ เมื่อวันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2536 และมีลูกค้าหลักอย่างโกเรียนแอร์, คาร์โกลักซ์, ไชน่าแอร์ไลน์, โพลาร์แอร์คาร์โก, นิปปอนคาร์โกแอร์ไลน์, สิงคโปร์แอร์ไลน์ และแอตลาสแอร์

ทั้งนี้กองทัพอากาศสหรัฐอเมริกา ได้สั่งซื้อ 747-400F ไป 7 ลำ และดัดแปลงใหม่เป็นเครื่องบิน Airborne Laser โดยติดตั้งเครื่องยิงแสงเลเซอร์ไว้ที่ปลายจมูกเครื่องบิน และให้ชื่อเรียกว่า โบอิง YAL-1A

โบอิงยังมีคำสั่งซื้อ -400F ที่ยังไม่ได้ส่งมอบอีก 18 ลำ[2]

747-400M

747-400M (Combi) เป็นเครื่องบินผสมระหว่างเครื่องบินโดยสาร และเครื่องบินขนส่งสินค้า โดยมีประตูขนถ่ายสินค้าที่ด้านท้ายลำตัวเครื่อง -400M เริ่มทดสอบการบินครั้งแรกเมื่อวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ. 2532 และเริ่มให้บริการครั้งแรกโดยเคแอลเอ็ม เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2532

747-400D

747-400D (Domestic) เป็นความต้องการพิเศษจากเจแปนแอร์ไลน์ ที่ต้องการให้บริการเที่ยวบินระยะสั้นภายในประเทศ โดยจัดผังที่นั่งใหม่ สามารถจุผู้โดยสารได้สูงสุด 568 ที่นั่งสำหรับการจัดแบบ 3 ชั้นบิน และ 660 ที่นั่งสำหรับการจัดแบบที่นั่งชั้นประหยัดเพียงอย่างเดียว โดย -400D จะไม่เพิ่มความยาวของปีกและวิงเล็ตเหมือนรุ่นอื่นๆ เพราะไม่มีความจำเป็นสำหรับเที่ยวบินระยะสั้น และมีจำนวนเที่ยวบินที่ขึ้นลงบ่อยครั้ง ทั้งนี้ -400D สามารถปรับเปลี่ยนให้รุ่นที่มีพิสัยบินระยะไกลได้เมื่อต้องการ

747-400D เริ่มทดสอบการบินครั้งแรกเมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2534 และเริ่มให้บริการครั้งแรกโดยเจแปนแอร์ไลน์ เมื่อวันที่ 22 ตุลาคม พ.ศ. 2534

747-400ER

747-400ER (Extended range) ปรับปรุงให้สามารถบินได้ไกลกว่าเดิม 805 กิโลเมตร หรือสามารถบรรทุกสินค้าได้มากกว่าเดิม 6,800 กิโลกรัม และมีการตกแต่งภายในแบบเดียวกับ 777 ซึ่งรู้จักกันโดยทั่วไปว่า เป็นการตกแต่งที่เป็นสัญลักษณ์ของโบอิง (Boeing Signature Interior) พร้อมเพิ่มทางเลือกการเพิ่มขนาดถังเชื้อเพลิง 3,240 แกลลอน 1 หรือ 2 ถัง ไว้ในส่วนห้องเก็บสินค้าด้านหน้าอีกด้วย

747-400ER เปิดตัวเมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2543 และส่งมอบครั้งแรกให้กับแควนตัสเมื่อวันที่ 31 ตุลาคม พ.ศ. 2545

747-400ERF

747-400ERF เป็นรุ่นขนส่งสินค้าของ -400ER โดยสามารถบรรทุกได้สูงสุด 112,760 กิโลกรัม (248,600 ปอนด์) มากกว่ารุ่น -400F อยู่ 9,980 กิโลกรัม (22,000 ปอนด์) ที่น้ำหนักสูงสุดเมื่อนำเครื่องขึ้นเท่ากัน ทั้งนี้ -400ERF มีพิสัยบินสูงสุด 9,200 กิโลเมตร ไกลกว่า -400F อยู่ประมาณ 525 กิโลเมตร ทั้งนี้รุ่นขนส่งสินค้าของ 747-8 จะสามารถบรรทุกสินค้าได้มากกว่า แต่มีพิสัยบินใกล้กว่า -400ERF

747-400BCF

747-400BCF (Boeing Converted Freighter) หรือเดิมคือ 747-400SF (Special Freighter) เป็นรุ่นที่ปรับเปลี่ยนจากเครื่องบินโดยสาร 747-400 มาเป็นเครื่องบินขนส่งสินค้า โดยเริ่มโครงการนี้เมื่อปีพ.ศ. 2547 และเครื่องลำแรกที่ได้ปรับเปลี่ยนแล้วส่งมอบให้กับคาเธย์แปซิฟิกคาร์โก เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2548

747LCF dreamlifter

747 Large Cargo Freighter ปรับเปลี่ยนมาจากเครื่องบิน 747-400 เป็นเครื่องบินขนส่งสินค้าขนาดใหญ่กว่าปกติ เพื่อใช้สำหรับการขนส่งชิ้นส่วนของโบอิง 787มายังโรงงานผลิตเครื่องบินที่เอเวอร์เร็ตต์ รัฐวอชิงตัน[3] ซึ่งช่วยย่นระยะเวลาการขนส่งชิ้นส่วนกว่าการขนส่งทางเรือมาก โดยลำตัวเครื่องบินของ LCF จะคล้ายกับซุปเปอร์กัปปี และแอร์บัส เบลูกา ออกแบบโดยสำนักงานโบอิงที่มอสโก[4] โดยเครื่องรุ่นนี้จะให้บริการโดย เอเวอร์กรีนอินเตอร์เนชั่นเนลแอร์ไลน์ และโบอิงจะไม่ผลิตเครื่องรุ่นนี้ออกขายให้กับลูกค้ารายอื่น และโบอิงจะใช้สำหรับการขนส่งพิเศษของโบอิงเอง