โบโนโบได้รับการอนุกรมวิธานโดย เฮิร์นส์ ชวาตส์ นักสัตววิทยาชาวเยอรมัน ในปี ค.ศ. 1929 หลังจากก่อนหน้านั้น คือ ในปี ค.ศ. 1927 อองรี โซเดน นักสัตววิทยาชาวเบลเยี่ยมได้ตรวจสอบหัวกะโหลกและหนังสัตว์แปลกประหลาดชนิดหนึ่ง ซึ่งน่าจะเป็นชิมแปนซีตัวเมีย ซึ่งน่าจะเป็นตัวโตเต็มวัยที่ได้มาจากเบลเยี่ยมคองโก ซึ่งชวาตส์ได้ไปเยือนพิพิธภัณฑ์ของโซเดน และได้ทำการวัดขนาดกะโหลกและตัวอย่างอีก 2 หัว ก่อนสรุปว่าเป็นชิมแปนซี หรือเอปชนิดใหม่ของโลก ซึ่งจะพบได้เฉพาะฝั่งซ้ายหรือตอนใต้ของแม่น้ำคองโกเท่านั้น[3]