ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1996 ฮาบุได้แต่งงานกับนักแสดงและนักร้องหญิงที่ชื่อริเอะ ฮาตาดะ (畠田理恵) ที่ศาลเจ้าฮาโตโนโมริฮาจิมัง ในเซ็นดางายะ กรุงโตเกียว ซึ่งอยู่ไม่ไกลจากสำนักงานใหญ่ของสมาคมหมากรุกญี่ปุ่นแห่งประเทศญี่ปุ่น ทั้งสองได้พบกันครั้งแรกในเดือนกันยายน ค.ศ. 1994 และประกาศหมั้นอย่างเป็นทางการในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1995 มีรายงานว่ามีเจ้าหน้าที่ตำรวจถึง 80 นายได้รับมอบหมายให้คุ้มกันพิธี เนื่องจากทั้งสองเป็นบุคคลที่มีชื่อเสียง[5] ครั้นในปี ค.ศ. 2012 พวกเขาก็มีลูกสาวด้วยกันสองคน[2] นอกจากนี้ เขายังเป็นหนึ่งในผู้เล่นหมากรุกสากลที่ดีที่สุดในประเทศญี่ปุ่น กับระดับอีโลที่ระดับ 2,415 (ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 2014)[6][7]