แหล่งกำเนิดของโยเกิร์ตบัลแกเรีย ยากที่จะพิสูจน์อย่างชัดเจน ซึ่งแท้จริงแล้ว ประเพณีของบัลแกเรียนิยมทำโยเกิร์ต ชาวบัลแกเรียดั้งเดิมนิยมบริโภคโยเกิร์ตปริมาณมากต่อหนึ่งคน และมีการบันทึกในประวัติศาสตร์ว่า มีการผลิตโยเกิร์ตคุณภาพดี รวมถึงการใช้ความหลากหลายที่เป็นเอกลักษณ์ของจุลินทรีย์ที่ใช้ในกระบวนการผลิต ที่เรียกว่า Lactobacillus bulgaricus บางกระแสกล่าวกันว่า โยเกิร์ตมีต้นกำเนิดมาจากบัลแกเรีย แม้ยังไม่มีข้อพิสูจน์ แต่บางส่วนของภูมิภาคบังแกเรียก็เป็นแหล่งเพาะปลูกและบริโภคโยเกิร์ต มายาวนานตั้งแต่ก่อนปีคริสต์ศักราช 3000 นักประวัติศาสตร์บางท่านก็มองว่า บริเวณคามสมุทรบอลข่านก็เปรียบเสมือนถิ่นกำเนิดของโยเกิร์ตเช่นกัน