โรคไวรัสมาร์บวร์คมีลักษณะคล้ายโรคไวรัสอีโบลา และมักสับสนกับหลายโรคที่พบในแถบเส้นศูนย์สูตรของแอฟริกา เช่น มาลาเรีย ไข้รากสาดน้อย และโรคบิดจากเชื้อชิเกลลา เมื่อวินิจฉัยแยกโรคยังพบว่าโรคนี้มีอาการคล้ายโรคฉี่หนู ไข้รากสาดใหญ่จากป่าละเมาะ และกาฬโรค รวมถึงโรคไม่ติดต่อ เช่น มะเร็งเม็ดเลือดขาวเฉียบพลันชนิดโปรไมอิโลไซต์ กลุ่มอาการเม็ดเลือดแดงแตก-ยูรีเมีย และได้รับพิษงู[21][22][23][24] สิ่งสำคัญในการวินิจฉัยโรคนี้คือการซักประวัติผู้ป่วย โดยเฉพาะประวัติการเดินทาง การทำงาน และการสัมผัสสัตว์ป่า การยืนยันโรคไวรัสมาร์บวร์คทำได้ด้วยการแยกไวรัส หรือตรวจหาแอนติเจนหรืออาร์เอ็นเอของไวรัสในตัวอย่างเลือดผู้ป่วย[25]