โรคไวรัสมาร์บวร์คเกิดจากไวรัสสองชนิดคือไวรัสมาร์บวร์คและไวรัสแรเวินที่อยู่ในสกุล Marburgvirus วงศ์ Filoviridae[15] เป็นไวรัสเฉพาะถิ่นที่พบในป่าแห้งแล้งแถบเส้นศูนย์สูตรของทวีปแอฟริกา[16][17][18] การติดเชื้อไวรัสมาร์บวร์คส่วนใหญ่มาจากการไปเยือนถ้ำหรือทำงานในเหมือง ในปี ค.ศ. 2009 มีการแยกไวรัสสองชนิดนี้จากค้างคาวผลไม้อียิปต์ (Rousettus aegyptiacus) ที่แข็งแรงที่ถูกจับจากถ้ำ[19] การแยกไวรัสนี้ชี้ว่าค้างคาวผลไม้โลกเก่ามีส่วนเป็นตัวเก็บเชื้อในธรรมชาติ และการเยือนถ้ำที่ค้างคาวอาศัยอยู่เป็นปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อ อย่างไรก็ตามยังต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมว่าค้างคาวผลไม้อียิปต์เป็นพาหะที่แท้จริง หรือรับเชื้อมาจากสัตว์อื่น ปัจจัยเสี่ยงอื่นคือการสัมผัสกับไพรเมตที่ไม่ใช่มนุษย์ ถึงแม้ว่าจะมีการระบาดของโรคนี้เพียงครั้งเดียวในปี ค.ศ. 1967 ที่เกิดจากการสัมผัสกับลิงที่ติดเชื้อ[20]