โรคนี้มีอัตราตายสูง มักระหว่าง 50% ถึง 90%[1][2] เมื่อเดือนเมษายน 2557 สารสนเทศจากองค์การอนามัยโลกตลอดการอุบัติทั้งสิ้นจนปัจจุบันให้อัตราตายรวมที่ 60%-65%[1] มีข้อบ่งชี้โดยอาศัยอัตราตายระหว่างประเทศที่การรักษาอาการโดยเร็วและมีประสิทธิภาพ (คือ การอภิบาลประคับประคองเพื่อป้องกันภาวะขาดน้ำ) อาจลดอัตราตายอย่างมีนัยสำคัญ[83] หากผู้ติดเชื้อรอดชีวิต การฟื้นตัวอาจเร็วและสมบูรณ์ได้ ผู้ป่วยระยะยาวมักมีการเกิดปัญหาระยะยาวแทรกซ้อน เช่น อัณฑะอักเสบ ปวดข้อ ปวดกล้ามเนื้อ ผิวหนังลอกหรือผมร่วง ยังมีการอธิบายอาการของตา เช่น ไวต่อแสง น้ำตาไหลมาก ม่านตาอักเสบ ม่านตาและซิลิอารีบอดีอักเสบ คอรอยด์อักเสบและตาบอดด้วย ไวรัสอีโบลาและไวรัสซูดานยังอาจคงอยู่ในน้ำอสุจิของผู้รอดชีวิตบางคนได้นานเจ็ดสัปดาห์ ซึ่งอาจนำไปสู่การติดเชื้อและโรคผ่านการร่วมเพศ[1]