โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (องค์การมหาชน) ให้บริการในพื้นที่อำเภอบ้านแพ้ว จังหวัดสมุทรสาคร และเขตพื้นที่ใกล้เคียง นอกจากนี้ยังมีการให้บริการโดยการจัดตั้งสาขาการให้บริการ และศูนย์สุขภาพชุมชนในชุมชนต่างๆ ได้แก่

• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว 2 ตั้งอยู่ที่ตำบลชัยมงคล อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว สาขาสาทร อาคาร TPI Tower ชั้นตัดใหม่ 10 ถนนจันทน์ แขวงทุ่งมหาเมฆ เขตสาทร กรุงเทพมหานคร
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว สาขาประสานมิตร 1281 ถนนพหลโยธิน แขวงสามเสนใน เขตพญาไท กรุงเทพมหานคร
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว สาขาเจริญกรุง ถนนมไหสวรรย์ แขวงบางคอแหลม เขตบางคอแหลม กรุงเทพมหานคร
• ศูนย์แพทย์และทันตกรรม โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (สาขาศูนย์ราชการเฉลิมพระเกียรติ 80 พรรษา 5 ธันวาคม 2550) กรุงเทพมหานคร
• ศูนย์แพทย์ชุมชนราษฎร์บำรุง
• ศูนย์สุขภาพชุมชนหลักสาม
• ศูนย์ล้างไตทางช่องท้องธนบุรี กรุงเทพมหานคร
• ศูนย์แพทย์ชุมชนธนบุรี โรงพยาบาลบ้านแพ้ว กรุงเทพมหานคร
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (สาขาเกษตรพัฒนา)
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (สาขาหลักห้า)
• ศูนย์ไตเทียมเทอดไท
• สวนหัวใจ