โรงพยาบาลบ้านแพ้ว เริ่มก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2508 โดยการบริจาคที่ดิน สนับสนุนกำลังทรัพย์ในการก่อสร้าง บนพื้นที่ 9 ไร่ 1 งาน 80 ตารางวา มีสถานะโรงพยาบาลชุมชน ขนาด 10 เตียง จนพัฒนาเรื่อยมาเป็นโรงพยาบาลอำเภอ ขนาด 30 เตียง

หลังจากเกิดวิกฤติเศรฐกิจในปี พ.ศ 2540 รัฐบาลที่นำโดย พลฯเอกชวลิต ยงใจยุทธ และรัฐบาลที่นำโดยนายชวน หลีกภัย ได้กำหนดแผนแม่บทการปฏิรูประบบการบริหารภาครัฐขึ้น[3][4] ซึ่งได้รับการอนุมัติจากคณะรัฐมนตรีเมื่อเมษายน พ.ศ. 2542 และสาระสำคัญส่วนหนึ่งของการปฏิรูป คือ การทบทวนบทบาทภารกิจของงานที่ภาครัฐดำเนินการอยู่นั้น มีประสิทธิภาพหรือไม่ ขณะเดียวกันในปี พ.ศ. 2542 รัฐสภาได้ตราพระราชบัญญัติองค์การมหาชนขึ้น[5] เพื่อเป็นเครื่องมือทางกฎหมาย สำหรับปรับเปลี่ยนระบบการบริหารส่วนราชการ ประเภทที่จัดบริการสาธารณะให้เป็นระบบที่คล่องตัวขึ้นกว่าระบบราชการทั่วไป โรงพยาบาลของรัฐเป็นส่วนราชการที่เข้าข่ายกลุ่มที่อาจเปลี่ยนไปเป็นระบบองค์การมหาชนด้วย

เมื่อปลายปี พ.ศ. 2540 ประเทศไทยเริ่มระสํ่าระสายจากพิบัติภัยเศรษฐกิจ นักวิชาการจาก สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.) กระทรวงสาธารณสุข ได้นำเสนอแนวคิดแก่ผู้แทน ธนาคารพัฒนาเอเชีย (ภาษาอังกฤษ : Asian Development Bank : ADB) เรื่องการเพิ่มประสิทธิภาพของโรงพยาบาล ด้วยการออกนอกระบบราชการเพื่อเพิ่มความอิสระในการบริหารงาน ซึ่งส่งผลให้กระทรวงสาธารณสุข แสดงเจตจำนงในการเริ่มโครงการนำร่องแปรรูปโรงพยาบาลรัฐ ไปสู่ระบบใหม่ที่มีความเป็นอิสระคล่องตัวกว่าเดิม โดยเจตจำนงนี้เป็นพันธะส่วนหนึ่ง ของการที่รัฐบาลรับเงินกู้จากธนาคารระหว่างประเทศแห่งนี้ด้วย

ในช่วงปี พ.ศ. 2541 รัฐบาลไทยได้ทำการศึกษาแนวทางการแปรรูปโรงพยาบาล โดยได้ใช้ทุนวิจัยบางส่วนจากธนาคารพัฒนาเอเชีย(จึงเรียกโครงการนี้ว่า"โครงการเอดีบี") โดยเน้นให้ใช้แนวทางรูปแบบองค์การมหาชน ไม่มุ่งเน้นแบบทุนนิยมหรือ Corporatized จึงมีการใช้ศัพท์ใหม่ว่า Autonomous Hospital เพื่อความชัดเจน โดยประยุกต์แนวคิดจากองค์การมหาชน จึงเกิดแนวคิดโรงพยาบาลในกำกับของรัฐ

รายชื่อโรงพยาบาลที่กระทรวงสาธารสุขได้ประกาศนำร่องในการปฏิรูปโรงพยาบาล 7แห่ง

• โรงพยาบาลหาดใหญ่
• โรงพยาบาลขอนแก่น
• โรงพยาบาลสระบุรี
• โรงพยาบาลยะลา
• โรงพยาบาลนครพิงค์
• โรงพยาบาลสตูล
• โรงพยาบาลบ้านแพ้ว

ในจำนวนนี้โรงพยาบาลบ้านแพ้วอาจถือได้ว่ามีความพร้อมมากที่สุด โดยเฉพาะด้านความมุ่งมั่นและการสนับสนุนของชุมชน(ปัจจุบันมีแค่ โรงพยาบาลบ้านแพ้วแห่งเดียวเท่านั้น ที่ออกนอกระบบ)

ในระยะเวลาช่วงเดียวกับการศึกษาโครงการเอดีบี สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.) ได้สนับสนุนทุนวิจัย แก่ชุดโครงการวิจัยเรื่องนี้ด้วย[6][7][8][9] โดยในช่วงปี พ.ศ. 2542 สวรส. ได้ให้ความสำคัญกับการสร้างความเข้าใจและการมีส่วนร่วมของสังคม และมีส่วนผลักดันให้นโยบายนี้เป็นที่รู้เห็นของสาธารณชนมากขึ้นเรื่อยๆ ในที่สุดรัฐบาลได้อนุมัติหลักการร่างพระราชกฤษฏีกาจัดตั้งโรงพยาบาลบ้านแพ้วเป็นองค์การมหาชน เมื่อธันวาคม พ.ศ. 2542[10] กระทั่งได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งโรงพยาบาลบ้านแพ้ว (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2543 ในวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2543 [11]

โรงพยาบาลบ้านเพ้ว(องค์การมหาชน) เป็นองค์การมหาชนแห่งแรก และได้เริ่มดำเนินการตั้งแต่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2543 เป็นต้นมา[12]