โรงพยาบาลมิตรภาพจีน-ญี่ปุ่น ได้รับการกำหนดให้เป็นโรงพยาบาลระดับตติยภูมิ ระดับเอ ใน ค.ศ. 1993[3] นอกจากนี้ ยังได้รับการจัดอันดับให้เป็นหนึ่งใน “โรงพยาบาล 10 อันดับแรกในปักกิ่ง” และเป็นหนึ่งใน “โรงพยาบาล 100 อันดับสูงสุดในประเทศจีน” ครั้นใน ค.ศ. 2001 ได้รับการจัดอันดับให้เป็นหนึ่งในโรงพยาบาลบริการสุขภาพของรัฐบาลกลาง โดยทำหน้าที่เป็นโรงพยาบาลสำหรับนักศึกษาแพทย์ฝึกหัดจากมหาวิทยาลัยปักกิ่งและมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์และเภสัชศาสตร์แผนจีนแห่งนครปักกิ่ง กระทั่งใน ค.ศ. 2004 โรงพยาบาลนี้ได้เป็นโรงพยาบาลแห่งแรกที่ให้บริการการรักษาผู้ป่วยนอกตลอดทั้งปีโดยไม่ปิดทำการในวันหยุด

ใน ค.ศ. 2005 โรงพยาบาลนี้ได้รับการตั้งชื่อว่า "ศูนย์การแพทย์บูรณาการแห่งชาติสำหรับโรคระบบหัวใจหลอดเลือด" และ "ศูนย์วิจัยความเจ็บปวดทางคลินิกแห่งชาติ" ในนามกระทรวงสุขภาพจีน โรงพยาบาลแห่งนี้รับผิดชอบโครงการวิจัยในสาขาวักกวิทยา, ประสาทวิทยา, หทัยวิทยา, ออร์โธปิดิกส์ และวิทยามะเร็งแพทย์แผนจีน (TCM) ซึ่งอยู่ภายใต้การบริหารแพทย์แผนจีนแห่งชาติ ทั้งนี้ มีสองโครงการที่นำเสนอโดยโรงพยาบาล ได้แก่ เคมีบำบัดด้วยไฟฟ้า และ "การบำบัดของอัน" ในการศึกษาเกี่ยวกับลำไส้ใหญ่และทวารหนัก โดยได้รับการจัดอันดับโดยกระทรวงสุขภาพจีนให้เป็นหนึ่งใน 100 โครงการชั้นนำแห่งทศวรรษ ส่วนแผนกต่าง ๆ รวมถึงออร์โธปิดิกส์, วิทยารูมาติกแพทย์แผนจีน และเคมีบำบัดด้วยไฟฟ้า ได้รับผิดชอบโครงการหลักภายใต้กองทุนสนับสนุนทุนพัฒนาการแพทย์

ครั้นใน ค.ศ. 2006 โรงพยาบาลนี้ได้รับการกำหนดให้เป็นสถาบันทางการแพทย์ที่ได้รับการแต่งตั้งระดับเอ โดยสามารถให้บริการแก่ผู้ถือกรมธรรม์ประกันภัยภายในปักกิ่ง ซึ่งในบรรดาพนักงาน มีพนักงานมากกว่า 450 คนที่มีตำแหน่งขั้นสูงและตำแหน่งทางเทคนิค โดยเกือบ 400 คนมีวุฒิการศึกษาระดับปริญญาโทหรือสูงกว่า โรงพยาบาลเป็นเจ้าของอุปกรณ์ทางการแพทย์ เช่น เอ็มอาร์ไอ, สไปรอล ซีที, ดีเอสเอ, เอ็มแอลเอ, เครื่องอัลตราซาวด์ชนิดสี, ระบบนำร่องปฏิบัติการ และเครื่องวิเคราะห์ชีวเคมีอัตโนมัติ เป็นต้น

ในฐานะสถาบันทางการแพทย์ขนาดใหญ่ในประเทศจีน โรงพยาบาลมิตรภาพจีน-ญี่ปุ่น ได้รับการจัดอันดับให้เป็น "โรงพยาบาลที่ดีที่สุดสำหรับชาวต่างชาติในปักกิ่ง" โดยสมาคมเพื่อชาวต่างชาติ รวมถึงมีการจัดตั้งโครงการความร่วมมือร่วมกับมหาวิทยาลัย, สถานศึกษา และสถาบันทางการแพทย์ในประเทศญี่ปุ่น, สหรัฐ, ฝรั่งเศส และเกาหลี

รัฐบาลแห่งชาติจีนยกย่องให้โรงพยาบาลมิตรภาพจีน-ญี่ปุ่น เป็นตัวอย่างของจิตวิญญาณแห่งชาติ ครั้นเมื่อใน ค.ศ. 2003 ได้รับการกำหนดให้เป็นโรงพยาบาลหลักในการต่อสู้กับโรคซาร์ส ตลอดจนโรงพยาบาลแห่งนี้เป็นศูนย์การแพทย์ที่ได้รับการแต่งตั้งสำหรับโอลิมปิกฤดูร้อน 2008 นอกเหนือจากการคุ้มครองรักษาผู้ชมและผู้เข้าร่วมในสนามกีฬาแห่งชาติ ("สนามรังนก") แล้ว โรงพยาบาลนี้ยังเป็นสถานพยาบาลหลักที่ให้บริการแก่นักกีฬา, ผู้ฝึกสอน, ผู้ตัดสิน และเจ้าหน้าที่[4]

ตั้งแต่ ค.ศ. 1984 เป็นต้นมา โครงการความร่วมมือระหว่างโรงพยาบาลและมหาวิทยาลัยในต่างประเทศได้จัดตั้งขึ้น ซึ่งรวมถึงมหาวิทยาลัยโตเกียว, มหาวิทยาลัยเคโอ, มหาวิทยาลัยโอซากะ, มหาวิทยาลัยวอชิงตัน เซนต์หลุยส์, มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด, มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ และโรงเรียนสารพัดช่างเฮลซิงกิ