โรงพยาบาลศรีสะเกษ ได้รับการริเริ่มขึ้นใน พ.ศ. 2451 [4] โดยขุนเวชการบริรักษ์ ผู้ดำรงตำแหน่งสาธารณสุขจังหวัดขุขันธ์ ในลักษณะอาคารไม้ชั้นเดียว บริเวณถนนปลัดมณฑลและถนนศรีวิเศษ (ที่ตั้งบ้านพักนายแพทย์สาธารณสุขจังหวัดศรีสะเกษในปัจจุบัน)

ต่อมา ใน พ.ศ. 2477 ขุนสุขวิชวรการ สาธารณสุขจังหวัดขุขันธ์ คนใหม่ ได้ดำเนินการก่อสร้างสุขศาลาชั้นหนึ่งขึ้นเพื่อขยายบริการด้านสาธารณสุข ในบริเวณวังเจ้าเมืองเดิมท่าลี่ ริมฝั่งห้วยสำราญ ใกล้แนวทางรถไฟสายตะวันออกเฉียงเหนือ ซึ่งได้ขยายการก่อสร้างมาถึงตัวเมืองจังหวัดศรีสะเกษ ระหว่าง พ.ศ. 2468 - พ.ศ. 2472 บนพื้นที่ทั้งหมดประมาณ 24 ไร่ เศษ (ที่ตั้งของโรงพยาบาลศรีสะเกษในปัจจุบัน) สุขศาลาแห่งนี้มีลักษณะเป็นอาคารไม้ชั้นเดียวยกพื้นสูง มีห้องทำงานรวม 6 ห้อง เปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไป

พ.ศ. 2481 ได้มีการเปลี่ยนชื่อจังหวัดขุขันธ์เป็นจังหวัดศรีสะเกษ "สาธารณสุขจังหวัดขุขันธ์" จึงเปลี่ยนชื่อเป็น "สาธารณสุขจังหวัดศรีสะเกษ" และ "สุขศาลาจังหวัดขุขันธ์" ก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "สุขศาลาจังหวัดศรีสะเกษ" หลังจากนั้นระหว่าง พ.ศ. 2484 - พ.ศ. 2485 เกิดสงครามอินโดจีนและสงครามมหาเอเชียบูรพาขึ้น จังหวัดศรีสะเกษได้รับการกำหนดให้เป็นเป้าหมายทางยุทธศาสตร์ที่สำคัญแห่งหนึ่ง จึงได้มีการก่อสร้างฐานบินและสนามบินทหารขึ้น (บริเวณที่ตั้งโรงเรียนศรีสะเกษวิทยาลัย ในปัจจุบันและพื้นที่โดยรอบ) บริเวณสุขศาลาจังหวัดศรีสะเกษได้เป็นสถานที่เก็บน้ำมันเชื้อเพลิงของกองทัพอากาศและที่พักของหน่วยทหาร สุขศาลาจังหวัดศรีสะเกษจึงมีบทบาทมากขึ้นเป็นลำดับในการรักษาผู้เจ็บป่วยทั้งทางทหารและพลเรือนตลอดช่วงภาวะสงคราม

พ.ศ. 2491 นายแพทย์ขุนวิชิตภัยพยาธิ (นายแพทย์วิชิต โพธิปักษ์) ได้ย้ายมารับราชการที่จังหวัดศรีสะเกษ และได้แบ่งส่วนงานสาธารณสุขออกเป็นกรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ส่วนขุนสุขวิชวรการ ได้ไปดำรงตำแหน่งอนามัยจังหวัดศรีสะเกษ สังกัดกรมอนามัย "สุขศาลาจังหวัดศรีสะเกษ" ได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงพยาบาลศรีสะเกษ" เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2491 ซึ่งถือเป็นวันสถาปนาโรงพยาบาลศรีสะเกษขึ้นอย่างเป็นทางการ โดยมีนายแพทย์วิชิต โพธิปักษ์ ดำรงตำแหน่งนายแพทย์ผู้อำนวยการคนแรกของโรงพยาบาลแห่งนี้ [2] [3]

ปัจจุบันนอกจากบทบาทในการเป็นศูนย์กลางการให้บริการทางการแพทย์แก่ชาวจังหวัดศรีสะเกษและจังหวัดใกล้เคียงแล้ว โรงพยาบาลศรีสะเกษ เป็นสถาบันการศึกษาและฝึกปฏิบัติการวิชาชีพทางการแพทย์ แก่นักศึกษาแพทย์ หลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต โดยเป็นสถาบันสมทบร่วมผลิตแพทย์กับวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี มีศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลศรีสะเกษ ทำหน้าที่เป็นสถาบันการศึกษาด้านการแพทย์ดังกล่าว ซึ่งก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2541 เพื่อจัดการเรียนการสอนให้กับนักศึกษาแพทย์ในระดับชั้นคลินิก (ชั้นปี 4 - 6) ตามโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทของสำนักงานบริหารโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (สบพช) กระทรวงสาธารณสุข

โรงพยาบาลศรีสะเกษเป็นโรงพยาบาลศูนย์ ที่มีศักยภาพและขีดความสามารถในการให้บริการที่สอดคล้องกับจำนวนประชากรผู้มารับบริการทั้งจากภายในจังหวัดศรีสะเกษ จังหวัดใกล้เคียง และประเทศเพื่อนบ้าน