โรงเรียนธัญรัตน์เปิดรับสมัครนักเรียนและสอบคัดเลือกในช่วงเดือนมีนาคมทั้งระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และ 4 เช่นเดียวกับโรงเรียนรัฐบาลทั่วไป โดยในแต่ละปีจะกำหนดจำนวนการรับและประเภทนักเรียนที่รับซึ่งโรงเรียนจะประกาศแจ้งผ่านในโรงเรียนและในเว็บไซต์ของโรงเรียนซึ่งสามารถตรวจสอบได้

ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จะรับสมัครนักเรียนปีละประมาณ 650 คน โดยจะแบ่งออกเป็น นักเรียนในเขตพื้นที่บริการ นักเรียนทั่วไป และนักเรียนเงื่อนไขพิเศษ[3]

ระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จะรับสมัครนักเรียนปีละประมาณ 550 คน โดยจะมีการแบ่งออกเป็นแผนการเรียนต่างๆ โดยจะแบ่งออกเป็น นักเรียนที่เรียนจบในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนธัญรัตน์ นักเรียนที่เรียนจบในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนอื่นและนักเรียนที่จบจากโรงเรียนธัญรัตน์แต่ไม่ผ่านการคัดเลือก และนักเรียนเงื่อนไขพิเศษ[4]

เขตพื้นที่บริการของโรงเรียน

• จังหวัดปทุมธานี
  • อำเภอธัญบุรี ตำบลรังสิต (หมู่ 1-4) ตำบลบึงยี่โถ (หมู่ 1-4) ตำบลลำผักกูด (หมู่ 1-4) ตำบลบึงสนั่น (หมู่ 1-4) ตำบลบึงน้ำรักษ์ (หมู่ 1-2)
  • อำเภอลำลูกกา ตำบลบึงคำพร้อย (หมู่ 1-2,9,10,14) ตำบลลำลูกกา (หมู่ 1,7,16) ตำบลบึงทองหลาง (หมู่ 1,9,15) ตำบลลาดสวาย (หมู่ 1,6,10)
  • อำเภอหนองเสือ ตำบลบึงบอน (หมู่ 2-3,8,9) ตำบลบึงบา (หมู่ 2-3,8)
  • อำเภอคลองหลวง ตำบลคลองหก (หมู่ 1-3) ตำบลคลองเจ็ด (หมู่ 1-3)[5]