โรงเรียนธัญรัตน์เดิมเป็นโรงเรียนประถมศึกษามีชื่อเดิมว่าโรงเรียนรังสิต มีเนื้อที่ทั้งหมด 15 ไร่ 2 งาน 90.25 ตารางวา มีรูปลักษณะคล้ายตัวที (T) จัดตั้งตามหนังสือของกระทรวงศึกษาธิการ ที่ 360/2499 ลงวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2499 โดยมีนายประสิทธิ์ เจริญชอบ ผู้ช่วยศึกษาธิการอำเภอ รักษาการแทนในตำแหน่งครูใหญ่ โดยในครั้งนั้นมีครู 1 คน นักเรียน 42 คน

วันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2519 ได้ยกฐานะจากโรงเรียนประถมศึกษาเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาและเปลี่ยนชื่อโรงเรียนรังสิตเป็นโรงเรียนธัญรัตน์[1]