โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชาสถาปนาขึ้นเนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง มีพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ ในปี พ.ศ. 2535 ซึ่งกรมสามัญศึกษาพิจารณาที่ดินบริจาคของพัฒน์ กังสานนท์ เมื่อวันที่ 12-13 ตุลาคม พ.ศ. 2534 เพื่อจัดตั้งเป็นโรงเรียนเฉลิมพระเกียรติในวโรสกาสดังกล่าว และได้มอบหมายการควบคุมการก่อสร้างโรงเรียนแก่คุณหญิงลักขณา แสงสนิท ผู้อำนวยการโรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี)ในขณะนั้น และใช้ชื่อโรงเรียนในระยะแรกว่า โรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ๓[1] ต่อมา เมื่อได้รับพระราชทานพระราชานุญาตให้ใช้ชื่อพระราชทานจากสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงว่า "นวมินทราชินูทิศ" แล้ว จึงเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา และมีประกาศจัดตั้งโรงเรียนโดยกระทรวงศึกษาธิการ เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2535[3]

ในระยะแรกโรงเรียนได้ใช้สถานที่ทำการเรียนการสอน ณ โรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) โดยมีคณาจารย์ของโรงเรียนเองและโรงเรียนบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) ในการสอน และเปิดรับนักเรียนครั้งแรกในปีการศึกษา 2535 ต่อมาในเดือนมกราคม พ.ศ. 2536 โรงเรียนได้รับงบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการเป็นเงิน 95 ล้านบาท จัดสร้างอาคารเรียนแบบพิเศษ 9 ชั้น และอาคารอเนกประสงค์ 4 ชั้น ณ สถานที่ตั้งปัจจุบันของโรงเรียน[1] และได้ย้ายมาทำการเรียนการสอน ณ สถานทีตั้งปัจจุบันในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2537

ในปี พ.ศ. 2540 โรงเรียนได้จัดสร้างเรือนธรรมกาญจนาภิเษกซึ่งเป็นที่ประดิษฐาน พระพุทธพรนวมินทรราชินีถวาย พระพุทธรูปประจำโรงเรียน และรูปเหมือนเจ้าพระยาบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนี) และใช้เป็นสถานที่จัดการอบรมกิจกรรมด้านจริยธรรมอย่างต่อเนื่อง และได้เปิด สนามกีฬาเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ในปีเดียวกัน

ปัจจุบัน โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาขนาดใหญ่พิเศษ[2][4] ทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตั้งแต่ปีที่ 1 - 6 พร้อมด้วยนักเรียนในหลักสูตรภาษาอังกฤษ นักเรียนในโครงการความสามารถพิเศษด้านต่าง ๆ และโรงเรียนได้บรรจุหลักสูตรท้องถิ้น "หลักสูตรกษัตริย์นักพัฒนาและเจ้าพระยาบดินทรเดชา ( สิงห์ สิงหเสนี )" แก่นักเรียนมัธยมศึกษาปีที่ 1 รวมถึงมีการประกันคุณภาพเพื่อดำเนินการเป็นไปตามระบบสากล[5]