โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา ได้รับคัดเลือกรับรางวัลโรงเรียนดีเด่น ประจำปีการศึกษา 2539 ของกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้รับเกียรติบัตร "ร้านอาหารสะอาดในสถาบันการศึกษา" จากกรมอนามัยสิ่งแวดล้อม สำนักอนามัย กรุงเทพมหานคร เมื่อ 8 ธันวาคม 2542 ได้รับยกย่องว่าเป็นโรงเรียนสีขาว จากกรมสามัญศึกษา,ได้รับการรับรองการบริหารงานระบบคุณภาพ ISO 9002 จากสำนักรับรองคุณภาพ (สรร.) สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย เมื่อ 22 กุมภาพันธ์ 2543 เป็นต้น[18] นอกจากนี้ โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ บดินทรเดชา ได้รับคัดเลือกจากท่านรัฐมนตรีสุดารัตน์ เกยุราพันธุ์ ให้เป็นตัวแทนประเทศ ในการจัดแสดงโขนตอนยกรบ และระบำสี่ภาคมีดนตรีไทยร่วมบรรเลงเพลงประกอบ เพื่อแสดงที่ศูนย์ประชุมอิมแพ็ค เมืองทองธานี ในวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2547 เนื่องในโอกาสการประชุมนานาชาติ เรื่องโรคเอดส์ครั้งที่ 15 [35]