โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา พุทธมณฑล ก่อตั้งขึ้นเพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติเนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ พร้อมกันนี้ พระองค์ได้พระราชทานพระราชานุญาตให้ใช้ชื่อโรงเรียนมัธยมศึกษาเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระบรมราชินีนาถของกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ว่า "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ" และเนื่องจากในระยะเริ่มต้นของการก่อตั้งโรงเรียนนั้น กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการได้มอบหมายให้โรงเรียนสตรีวิทยา เป็นโรงเรียนพี่เลี้ยง และผู้ประสานงานการจัดตั้งโรงเรียน โดยความหมายของชื่อโรงเรียนนั้น สามารถแยกออกเป็น 3 ส่วน ได้แก่

• นวมินทราชินูทิศ ซึ่งเกิดจากการสนธิของคำต่าง ๆ ดังนี้

• สตรีวิทยา เป็นชื่อของโรงเรียนพี่เลี้ยง ในช่วงการก่อตั้งโรงเรียน
• พุทธมณฑล เป็นชื่อของสถานที่สำคัญทางพุทธศาสนา ซึ่งใกล้กับที่ตั้งของโรงเรียน