โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา พุทธมณฑล เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาในโครงการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง เนื่องในวโรกาสที่ปี พ.ศ. 2535 เป็นปีแห่งการเฉลิมฉลอง เนื่องในมหามงคลสมัยที่สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงทรงเจริญพระชนมพรรษา 5 รอบ กระทรวงศึกษาธิการถือเป็นโอกาสสำคัญที่จะสนองพระกรุณาธิคุณเพื่อเป็นการถวายสักการะ และเป็นอนุสรณ์สถานให้ชนรุ่นหลังได้รำลึกถึงคุณงามความดีของพระองค์สืบไป โดยกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนในโครงการเฉลิมพระเกียรติในเขตกรุงเทพมหานครและเขตปริมณฑลจำนวน 9 โรง โดยกระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2535

ในการจัดตั้งโรงเรียนแห่งนี้ กรมสามัญศึกษา ได้รับบริจาคที่ดินจาก คุณจรีพร เทพผดุงพร คุณเดชา ตั้งพิรุฬห์ธรรม และคุณทักษิณ ตั้งพิรุฬห์ธรรม ณ บริเวณถนนพุทธมณฑลสาย3 แขวงทวีวัฒนา เขตทวีวัฒนา จำนวน 2 ไร่ และได้จัดสรรงบประมาณจากรัฐบาลจำนวน 95 ล้านบาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนและอาคารประกอบพร้อมทั้งครุภัณฑ์ประกอบในปีงบประมาณ 2535-2537 ในปีการศึกษา 2535 ซึ่งเป็นปีการศึกษาแรก กรมสามัญศึกษาได้มอบให้ โรงเรียนสตรีวิทยาเป็นพี่เลี้ยงให้คำแนะนำและช่วยเหลือด้านต่างๆ ในปีการศึกษาแรกโรงเรียนเปิดรับสมัครนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และมัธยมศึกษาปีที่ 4 โดยรับสมัครจากโรงเรียนสตรีวิทยา โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย และนักเรียนในพื้นที่บริการ มีนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 4 ห้อง 144 คน และนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 2 ห้อง 39 คน รวมจำนวนนักเรียนในปีการศึกษาแรกนี้ 183 คน มีครูอาจารย์ช่วยปฏิบัติราชการจำนวน 14 คน นักการภารโรง 1 คน เนื่องจากในระยะนี้โรงเรียนยังอยู่ในระหว่างการก่อสร้างอาคารเรียน โรงเรียนจึงได้ขอความอนุเคราะห์ใช้สถานที่เรียนชั่วคราวที่โรงเรียนไชยฉิมพลีวิทยาคมเป็นเวลา 1 ปีการศึกษา และในปีเดียวกันนี้ กระทรวงศึกษาธิการได้รับพระมหากรุณาธิคุณอันสูงยิ่ง จากสมเด็จพระนางเจ้าสรนิกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ทรงพระราชทานพระราชานุญาตให้ใช้ชื่อโรงเรียนมัธยมศึกษาเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ของกรมสามัญศึกษาว่า "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ" เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2535

ดังนั้นโรงเรียนสตรีวิทยา3 พุทธมณฑล จึงเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "โรงเรียนนวมินทราชินูทิศ สตรีวิทยา พุทธมณฑล" และถือเอาวันที่ 10 สิงหาคมของทุกปี เป็นวันสถาปนาโรงเรียน กรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งนายวรินทร์ เขียวสะอาด เป็นผู้อำนวยการคนแรกของโรงเรียน

ในปีการศึกษา 2536 โรงเรียนเปิดรับสมัครนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และ 4 จากโรงเรียนสตรีวิทยา โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย โรงเรียนศึกษานารี โรงเรียนทวีธาภิเศก และนักเรียนในพื้นที่บริการเป็นนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 218 คน นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 2 ห้อง 37 คน เนื่องจากมีจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น สถานที่เรียนชั่วคราวที่โรงเรียนไชยฉิมพลีวิทยาคม ไม่เพียงพอและอาคารเรียนอาคารเรียนถาวรยังก่อสร้างไม่เสร็จ จึงได้ขอความอนุเคราะห์จากคุณเศรษฐพงศ์ จตุรงสัมฤทธิ์ เจ้าของโครงการขุมทรัพย์นคร เพื่อขอใช้อาคารพาณิชย์ บริเวณถนนพุทธมณฑลสาย3 ซึ่งใกล้กับสถานที่ตั้งโรงเรียนเป็นสถานที่เรียนชั่วคราวแห่งที่ 2 โดยได้ทำการเคลื่อนย้ายอุปกรณ์การเรียนการสอนจากโรงเรียนไชยฉิมพลีวิทยาคม ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2536 พร้อมจำนวนครูอาจารย์ ทั้งสิ้น 39 คน นักการภารโรง 1 คน และรปภ 1 คน

ในปีการศึกษา 2537 โรงเรียนเปิดรับสมัครนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 และ 4 โดยไม่ต้องสอบถามนโยบายจากกรมสามัญศึกษาในพื้นที่บริการและรับนักเรียนเพิ่มเติมจากโรงเรียนสตรีวิทยา โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย โรงเรียนศึกษานารี โรงเรียนทวีธาภิเศก และโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา ได้จำนวนนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 12 ห้อง 490 คน และนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 2 ห้อง 55 คน รวมรับนักเรียนในปีการศึกษา 2537 จำนวน 545 คน และยังคงใช้สถานที่เรียนชั่วคราวเดิมเรียน มีจำนวนครูอาจารย์ ทั้งสิ้น 46 คน นักการภารโรง 1 คน รปภ 1 คน ในภาคเรียนที่ 2 ของปีการศึกษา 2537 อาคารเรียนถาวรได้ก่อสร้างเสร็จเรียบร้อย จึงได้ย้ายสถานที่เรียนจากอาคารพาณิชย์ ซึ่งเป็นสถานที่เรียนชั่วคราวไปยังอาคารเรียนถาวรเมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2537 เป็นต้นมา