โรงเรียนนายเรือก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2440 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สถานที่ตั้งเดิมอยู่ที่บริเวณพระราชวังเดิมในสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โดยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2449 กองทัพเรือได้ถือเอาวันที่ 20 พฤศจิกายนของทุกปี เป็น วันกองทัพเรือ[1]

ใน พ.ศ. 2495 ได้ย้ายโรงเรียนมาที่ที่อยู่ปัจจุบัน คือ ป้อมเสือซ่อนเล็บ ถนนสุขุมวิท ตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองสมุทรปราการ จังหวัดสมุทรปราการ

การเปิดสอนในช่วงแรก ได้จ้างชาวต่างชาติมาสอน มี นาวาโท ไซเดอร์ลิน ชาวเดนมาร์ก เป็นผู้บังคับการ ร.ล. มูรธาวสิตสวัสดิ์ ในปี พ.ศ. 2448 นายพลเรือตรี พระเจ้าลูกยาเธอ กรมหมื่นชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ปรับปรุงหลักสูตร และอำนวยการสอนตั้งแต่ พ.ศ. 2449-2454