โรงเรียนนายเรือมีสถานะเป็นหน่วยราชการในระดับเทียบเท่ากองบัญชาการ มีการจัดส่วนราชการภายในดังนี้

กองบัญชาการมีหน้าที่ปกครอง บังคับบัญชา วางแผน อำนวยการ ควบคุม และบริหารกิจการของโรงเรียนนายเรือให้บรรจุภารกิจที่กำหนดกรมนักเรียนนายเรือรักษาพระองค์มีหน้าที่ปกครอง บังคับบัญชา และฝึกอบรมนักเรียนนายเรือในเรื่องการปลูกฝังนิสัย วินัย จิตวิทยา ความอดทน และลักษณะผู้นำ (หน่วยนี้เดิมเรียกชื่อว่า "กองนักเรียน โรงเรียนนายเรือ" กองทัพเรือได้ยกฐานะเป็นหน่วยทหารรักษาพระองค์เมื่อ พ.ศ. 2521 ในชื่อ "กองนักเรียนนายเรือรักษาพระองค์ โรงเรียนนายเรือ" (กอง นนร.รอ.รร.นร.) ต่อมาได้รับพระบรมราชานุญาตให้เปลี่ยนชื่อเป็น "กรมนักเรียนนายเรือรักษาพระองค์ โรงเรียนนายเรือ" ใช้อักษรย่อว่า "กรม นนร.รอ.รร.นร."[2])ฝ่ายศึกษามีหน้าที่ให้การศึกษาวิชาการอุดมศึกษาระดับปริญญาตรี และวิชาชีพทหารเรือแก่นักเรียนนายเรือฝ่ายบริการรับผิดชอบงานด้านพลาธิการ การขนส่ง การสาธารณูปโภค อุปกรณ์และเครื่องช่วยการศึกษา การบำรุงรักษาอาคาร สิ่งก่อสร้าง ยานพาหนะ ให้บริการทั่วไปและสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยต่าง ๆ ในเรื่องของสิ่งอำนวยความสะดวกทั้งทางวัตถุและองค์บุคคล รวมทั้งเป็นหน่วยในการศึกษาภาคปฏิบัติในโรงงานแก่นักเรียนนายเรือกองสถิติและวิจัยมีหน้าที่การดำเนินการเกี่ยวกับการวัดผลการศึกษาและทะเบียนประวัติของนักเรียนนายเรือ วิจัยและพัฒนาการฝึกและศึกษา รวมทั้งการสถิติที่เกี่ยวข้องโรงพยาบาลโรงเรียนนายเรือรับผิดชอบด้านการรักษาพยาบาลแก่นักเรียนนายเรือ ข้าราชการ ทหาร ลูกจ้าง และครอบครัว ตลอดจนดำเนินการด้านสุขาภิบาล และการเวชกรรมป้องกันในเขตพื้นที่ของโรงเรียนนายเรือกองร้อยรักษาความปลอดภัยที่ 6 (หน่วยสมทบ)มีหน้าที่รักษาความปลอดภัยภายในบริเวณโรงเรียนนายเรือและพื้นที่ในความรับผิดชอบของโรงเรียนนายเรือ