โรงเรียนบุญวัฒนา เป็นโรงเรียนขนาดใหญ่พิเศษจึงได้แบ่งการปกครองเป็น 2 ระบบคือ ระดับชั้นและคณะ(สี) โดยแบ่งออกเป็น 6 คณะ เพื่อให้ง่ายต่อการควบคุมดูแลนักเรียน

โดยสังกัดเป็นเวลา 3 ปี (คือมัธยมศึกษาปีที่ 1-3 และ มัธยมศึกษาปีที่ 4-6) ใช้ระบบห้องเรียนในการแบ่งคณะภายในโรงเรียน ให้สอดคล้องกับการเล่นกิจกรรมสายรหัสของนักเรียน

     คณะบุษกร (Budsakorn) สีน้ำเงินอ่อน และได้นำ "ดอกบัว" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ ชั้นล่างอาคารเฉลิมพระเกียรติ์ ๖ รอบ (ตึก 4)

     คณะทองกวาว (Thongkwao) สีแสด และได้นำ "ดอกทองกวาว" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ โดมโรงเรียนบุญวัฒนา ฝั่งตะวันออก(ฝั่งป้อมยาม)

     คณะปัทมา (Pattama) สีแดง และได้นำ "ดอกบัว" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ ลานธรรม

     คณะการเวก (Karawek) สีเขียวอ่อน และได้นำ "ดอกการเวก" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ โดมโรงเรียนบุญวัฒนา ฝั่งตะวันตก(ฝั่งเวที)

     คณะราชพฤกษ์ (Ratchaphuk) สีเหลือง และได้นำ "ดอกราชพฤกษ์" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ อาคารศิลปะ

     คณะราชาวดี (Rachawadee) สีฟ้า และได้นำ "ดอกราชาวดี" เป็นดอกไม้ประจำคณะ ที่พบคณะ ลานดนตรี