โรงเรียนมัธยมยานากาวา จัดตั้งขึ้นโดย ดร.เชาว์ เต็มรักษ์ นายกสมาคมพัฒนาบุคลากร (ไทย-ญี่ปุ่น)​ ซึ่งได้ไปใช้ชีวิตในประเทศญี่ปุ่นมาเป็นเวลา 9 ปี ทำให้มีแนวคิดในการใช้ญี่ปุ่นเป็นฐานในการพัฒนาเยาวชนไทย และเนื่องในโอกาส 120 ปี ความสัมพันธ์ทางการทูตไทย-ญี่ปุ่น จึงได้ลงนามความร่วมมือทางการศึกษา (MOU) กับ นายเคน โคกะ (Ken Koga) โรงเรียนยานากาวา จังหวัดฟูกูโอกะ ประเทศญี่ปุ่น เมื่อวันที่ 9 เมษายน 2556 ตามโครงการพัฒนาเยาวชนคนพันธุ์ใหม่เพื่อสังคมไทย และได้ดำเนินการสร้างโรงเรียนมัธยมยานากาวาขึ้นที่จังหวัดนครศรีธรรมราช และเป็นบ้านเกิดเมืองนอนของ ดร.เชาว์ เต็มรักษ์ ภายใต้ความตั้งใจที่ว่า จบจากแดนไกลตั้งใจกลับมาพัฒนาบ้านเกิด

เมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2558 ได้ดำเนินการพิธีวางศิลาฤกษ์และยกเสาเอก เพื่อก่อสร้างโรงเรียนมัธยมยานากาวา และมีพิธีเปิดโรงเรียนมัธยมยานากาวา เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม พ.ศ. 2559 โดยมีนักเรียนรุ่นที่ 1จำนวน 16 คน ผลจากการจัดการศึกษาตามและทางผสมผสานไทย-ญี่ปุ่น ทำให้ได้รับความยอมรับจากผู้ปกครองจากทั่วประเทศ