โรงเรียนมัธยมวัดนายโรงมีการจัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการเป็นภาษาอังกฤษ (English Program) โดยใช้ภาษาอังกฤษเป็นสื่อในวิชาต่างๆยกเว้นวิชาภาษาไทย ตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 รวมถึงกิจกรรมและเทคโนโลยีที่ใช้ในการสอน และสอนโดยครูชาวต่างประเทศและครูไทยที่มีความสามารถในด้านภาษาอังกฤษ[1]โดยมีการจัดการเรียนการสอน 3 รูปแบบ คือ English Program, Mini English Program และ Integrated English Program