โรงเรียนราชนันทาจารย์ สามเสนวิทยาลัย๒ ประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 30 เมษายน 2539 โดย ฯพณฯ สุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในขณะนั้น เป็นโรงเรียนที่หลวงปู่ผล อกฺกโชติหรือพระราชนันทาจารย์ ได้บริจาคที่ดินจำนวน 5 ไร่ ในซอยสะพาน99 ริมคลองเปรมประชากร ในปลายปีการศึกษา 2537 ให้สร้างโรงเรียนมัธยมศึกษา ชื่อโรงเรียนจึงมีชื่อ "ราชนันทาจารย์" อยู่ในชื่อของโรงเรียนแห่งนี้ เป็นต้นมาเป็นหนึ่งในโรงเรียนที่พี่น้องประชาชนทุกหมู่เหล่าร่วมกันก่อตั้ง ตามนโยบายปฏิรูปการศึกษาของฯพณฯสุขวิช รังสิตพลรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ 30 เมษายน 2539พร้อมกับอีกหลายโรงเรียนที่ก่อตั้งด้วยวิธีเดียวกันอาทิเช่น โรงเรียนคอนสาวิทยา โรงเรียนขอนแก่นวิทยายน ๒ (สมาน สุเมโธ) โรงเรียนศิลาทองพิทยาสรรค์ โรงเรียนหัวเรือพิทยาคม